Događaji predstave odvijaju se u Egiptu, u gradu Aleksandriji, na kraju vladavine XIII dinastije, 48. godine prije Krista. Legije Cezara ulaze u Egipat. Grad je u panici. Kraljica Kleopatra, šesnaestogodišnja djevojčica, nestala je. Ne mogu je nigdje naći

U to vrijeme Julius Cezar sam, u pustinju, prolazi pored malog primjerka Sfinge i vidi Kleopatru kako spava na prsima kamenog kipa. Ona se probudi, kaže da je ona kraljica Egipta i poziva Cezara, kojeg naziva "starica", da se popne u nju i također se sakrije od Rimljana. Kleopatra ih se ludo boji. Cezar priznaje da je Rimljanin i kaže da ako djevojka učini sve kako kaže, Cezar je neće uvrijediti. Kleopatra obećava da će postati njegov rob i da će mu se pokoravati u svemu. Tada se potajno probijaju kroz pustinju u palaču.

Kleopatra je izrazito plašna u palači. Boji se izdati naredbu robovu, drhti pred dadilju Ftatatitom. Cezar ju uči ponašati se kraljevski, zapovijedati i prisiljavati se na poslušnost. Kleopatra ima ukus i već sanja kako će nahraniti svoje robove otrovom i baciti ih na Nil da bi ih krokodili rastrgali. Cezar ju moli da se ne zanese. Međutim, ona se još uvijek jako boji Cezara. Kad rimski vojnici uđu u palaču i pozdrave osobu pored nje riječima: "Slava Cezaru!", Kleopatra iznenada shvati, a s olakšanjem, prigovarajući, padne mu u naručje.

Car Ptolemej Dioniz (desetogodišnjak, Kleopatrin brat i njen suparnik) i njegov skrbnik Potin ulaze u donju dvoranu palače. Prate ih Teodot, kraljev mentor, Ahil, njegov vođa i dvorjani. Ptolomej, na poticaj Potina, pokušava izraziti svoje nezadovoljstvo Cezarovom upadom i Kleopatrinim ponašanjem. Cezar ulazi u sobu, u pratnji rimskog časnika Ruthiusa i njegovog tajnika, Britanca, Britanca po nacionalnosti, obučenog u sve plavo. Cezar nije sklon prolijevanju krvi u Egiptu, ali zahtijeva da mu se isplati dio iznosa novca koji bi Egipat trebao dati Rimu, prema starom sporazumu između Cezara i bivšeg egipatskog kralja zbog činjenice da je Cezar pomogao da na vrijeme prije vrati prijestolje. Kleopatra, koja se odlučila ponašati poput kraljice, potrči prema bratu, sruši ga s prijestolja i sama sjedi na njegovom mjestu. Cezar, dotaknut ljutnjom dječaka, nježno ga smiruje.

Egipatski dvorski vojni i vođe zahtijevaju da Cezar napusti njihovu zemlju, ali on odgovara da će to učiniti tek nakon što Kleopatra postane kraljica. Dopušta svim Egipćanima da se povuku, na veliko ogorčenje svojih suradnika, i upozorava da neće moći dugo obuzdati Ruth i njegove vojnike, a one željne izvaditi mačeve iz njihovih omotača. Potin se ogorčeno žali na rimsku pravdu, nedostatak zahvalnosti kod Rimljana. Cezar je u gubitku. Ne razumije što je u pitanju. Tada Potin traži Lucija Septimija da ode, koji kaže da je ubio republikanskog Pompeja, koji je želio pobijediti Cezara. Cezar je zaprepašten, užasnut je zločinom Lucije Septimija.

Egipćani odlaze. Cezar ostaje s Kleopatrom, koja ga zamjera pretjeranom osjetljivošću. Ona mu također kaže kako je njezin otac uspio zauzeti prijestolje. A pomogao mu je lijepi mladić koji je stigao iz Rima s mnogim konjanicima. Tada je Kleopatra imala samo dvanaest godina, zaljubila se u ovog mladića. Jako je iznenađena kad Cezar kaže da je upravo on poslao Marka Anthonyja da pomogne njenom ocu. Cezar joj obećava da će mu, ako ona to želi, poslati on.

Cezar naređuje Rutiju da sprži nekoliko rimskih brodova koji se nalaze u zapadnoj luci, te da sam odnese sve čamce koji su u istočnoj luci i osvoji Faros, otok sa svjetionikom. Potin dolazi k Cezaru i namjerava mu izraziti zahtjeve Egipćana. Ovaj put Cezar ga uhvati. Tada Teodot otrči unutra i u izrazitom uzbuđenju izvještava da se vatra s rimskih brodova proširila na Aleksandrijsku knjižnicu, sveticu sveta egipatske civilizacije. Cezar mu savjetuje da pozove pomoć u gašenju vatre Ahila i njegove vojske. (Stoga planira da Ahilovu pažnju odvrati od Rimljana zauzevši otok Faros.) Cezar navlači oklop i odlazi da sudjeluje u zarobljavanju Farosa. Kleopatra ga moli da bude oprezan.

Nakon Cezarovog odlaska na nasip, gdje stoje rimske straže, pojavljuje se Apollodor, sicilijanski, patricijski, ljubitelj umjetnosti. Donosi perzijske prostirke u palaču, želeći da Kleopatra odabere neke od njih. Kraljica sama istrčava iz palače. Želi odmah ući u čamac i otploviti do Cezara. Međutim, čuvar joj to ne dopušta. To je protivno Cezarovom nalogu. Tada Kleopatra moli Apolodora brodom da mu preda poklon prelijepu perzijsku prostirku i da dobije dopuštenje da ona otpluje do njega do njega. Potrči da odabere prostirku. Ubrzo nosioci izvade dar iz palače, stave ga na čamac, a Apollodor krene s obale. Kad je brod već daleko od straže, Ftatatita ga sarkastično obavještava da mu je nedostajala Kleopatra, jer je ona ipak ušla u čamac, umotana u tepih.

Čamac plovi prema otoku. U ovom trenutku, netko baci tešku torbu u vodu, nos čamca se slomi i on tone. Apolodor jedva uspijeva izvući tepih iz vode. Dok su Cezar, Britanac i Rufius s oduševljenjem promatrali Apolodora i njegov teret, Egipćani su sletjeli na obalu. Rimljani i Kleopatra mogu samo plivati. Cezar pliva noseći Kleopatru na leđima. Ubrzo im se približava čamac i oni se kreću na brodu.

Sljedeći događaji odvijaju se u ožujku 47, odnosno šest mjeseci nakon početnih događaja. Potin, kojeg Cezar i dalje drži u zatočeništvu i živi u palači, traži publiku s Kleopatrom i za to se vrijeme ponaša pokorno i s poštovanjem, ponekad pokušava postaviti kraljicu protiv Cezara, ali Kleopatra ga otjera. Odlazi kod Cezara i nestrpljiv je da ga vrati protiv Kleopatre, ali nema vremena za to, jer sama kraljica ulazi, ide na večeru s Cezarom, Apolodorusom i Rusijem. Cezar traži od Potina da kaže ono što je htio reći ili da ode jer će mu dati slobodu. Potin, nakon izvjesne zbrke, počinje ga nadahnjivati ​​da Kleopatra želi zavladati Egiptom sama i svim srcem čeka njegov odlazak. Kleopatra ogorčeno tvrdi da je to laž. Cezar, međutim, otkriva da bi, čak i da je to tako, bilo sasvim prirodno. Zamoli Potina da ode i ponovi da je slobodan. Kleopatra ključa od bijesa i tiho naređuje Ftatiteu da ubije Potina prije nego što napusti palaču. Na ručku svi odjednom čuju vrisak i zvuk pada tijela. Lucij Septimius ulazi i govori Cezaru da je Potin ubijen i da je grad poludio, budući da je Potin bio miljenik stanovnika. Kleopatra priznaje da je naredila da se ubije Potin zbog njegove klevete. Rufius i Apolodorus odobravaju njezin čin. Međutim, Cezar kaže da sada neće moći zaštititi život kraljice od bijesnih Egipćana. Lucije Septimij ga uvjerava. Izvještava da su pojačanja stigla kod Rimljana - vojske Mitridata iz Pergama. Cezar odlazi upoznati Mitridate. Prije odlaska, Ruthius tiho ubija Ftatatitu poput divlje tigrice koja može u svakom trenutku napasti, kako kasnije objašnjava svoj čin Cezaru. On ga odobrava. Rimske trupe razbijaju Egipćane, kralj Ptolomej utapa se u rijeci, a Kleopatra postaje suvereni vladar.

Cezar se priprema za plovidbu Rimom. Prije odlaska iz Egipta napušta Rufiusa kao upravitelja. Kleopatri ponavlja svoje obećanje da će poslati Marka Anthonyja.