U rukama budućeg prevoditelja i izdavača Bilješke oca Adsona iz Melka padaju u Prag 1968. Na naslovnoj stranici francuske knjige iz sredine prošlog stoljeća piše da se radi o aranžmanu iz latinskog teksta iz 17. stoljeća, koji navodno reproducira rukopis stvorio njemački redovnik krajem četrnaestog stoljeća. Istraživanja poduzeta protiv autora francuskog prijevoda, izvornika na latinskom jeziku, kao i osobnosti Adsona, ne donose rezultate. Nakon toga, čudna knjiga (vjerojatno lažna, koja postoji u jednom primjerku) nestaje iz vidovog polja izdavača dodajući još jednu vezu nepouzdanom lancu parafraza ove srednjovjekovne priče.
U svojim kasnim godinama benediktinski redovnik Adson prisjeća se događaja koji je bio svjedok i u kojima je sudjelovao 1327. Političke i crkvene podjele šokirale su Europu. Car Luj suprotstavlja se papi Ivanu XXII. Istodobno, papa se bori protiv monaškog reda franjevaca, u kojem je prevladavao reformistički pokret ne-posjednika-duhovnika, koji je papinska kurija žestoko progonio. Franjevci se ujedine s carem i postaju značajna sila u političkoj igri.
U tom nemiru Adson, tada još uvijek novak mladosti, prati engleskog franjevca Wilhelma iz Baskervillea na putovanju gradovima i najvećim talijanskim samostanima. Wilhelm - mislilac i teolog, ispitivač prirode, poznat po svom moćnom analitičkom umu, prijatelj Williama Ockhama i student Rogera Bacona - ispunjava zadatak cara da pripremi i održi preliminarni sastanak između carske delegacije franjevaca i predstavnika kurije. Wilhelm i Adson stižu u opatiju gdje će se ona održati nekoliko dana prije dolaska veleposlanstava. Sastanak bi trebao biti u obliku spora oko siromaštva Krista i crkve; njegova je svrha saznati stavove stranaka i mogućnost budućeg posjeta franjevačkog generala papinskom prijestolju u Avignonu.
Prije nego što je ušao u samostan, Wilhelm iznenadi redovnike koji su se uputili u potragu za odbjeglim konjem s točnim deduktivnim zaključcima. A opat opat odmah se obratio s molbom da provedu istragu o neobičnoj smrti koja se dogodila u samostanu. Tijelo mladog redovnika Adelma pronađeno je na dnu litice, možda je izbačeno iz kule nadvisući ponor visoke zgrade zvane Khramina ovdje. Opat nagovještava da zna stvarne okolnosti smrti Adelme, ali ga veže tajno priznanje i zato istinu treba čuti s drugih, neotisnutih usana.
Wilhelm dobiva dozvolu za ispitivanje svih redovnika bez iznimke i za ispitivanje svih prostorija samostana osim čuvene samostanske knjižnice. Najveća u kršćanskom svijetu, koja se može usporediti s polu-legendarnim bibliotekama nevjernika, nalazi se na gornjem katu Hrama; samo knjižničar i njegov pomoćnik imaju pristup njemu, samo oni znaju plan skladišta, izgrađen kao lavirint, i sustav za uređivanje knjiga na policama. Ostali redovnici: prepisivači, rubričari, prevodioci koji stižu ovdje iz cijele Europe, rade s knjigama u sobi za prepisivanje - skriptoriju. Knjižničar samostalno odlučuje kada i na koji način knjigu pružiti onome tko ju je tvrdio i hoće li je uopće pružiti, jer postoji mnogo poganskih i heretičkih djela. U scenariju se Wilhelm i Adson upoznaju s knjižničarkom Malachijem, njegovim pomoćnikom Berengarom, grčkim prevoditeljem, Aristotelovim sljedbenikom Venantiusom i mladim retorikom Benziusom. Pokojna Adelme, vješta crtačica, krasila je polja rukopisa fantastičnim minijaturama. Čim se redovnici smiju, gledajući ih, slijepi brat Jorge pojavljuje se u scenariju s odbojnošću da su smijeh i besposlični razgovori nepristojni u samostanu. Ovaj muž, slavan godinama, pravednošću i učenošću, živi s osjećajem početka nedavnog vremena i u iščekivanju skorog pojavljivanja Antikrista. Ispitujući opatiju, Wilhelm zaključuje da Adelm najvjerojatnije nije ubijen, već je počinio samoubojstvo hrleći s samostanskog zida, a tijelo je nakon toga klizilo ispod Hrama.
Ali iste večeri otkriven je leš Venantiusa u bačvi svježe krvi zaklanih svinja. Wilhelm, proučavajući tragove, utvrđuje da su ubili redovnika negdje drugdje, najvjerojatnije u Khraminu, i bacili ga u bačvu već mrtvu. Ali na tijelu, u međuvremenu, nema rana, niti ozljeda ili tragova borbe.
Primijetivši da je Benticij više uzbuđen od ostalih, a Berengar se iskreno bojao, Wilhelm ih je odmah ispitivao. Berengar priznaje da je Adelme vidio u noći njegove smrti: lice crtača bilo je poput lica mrtvog čovjeka, a Adelme je rekla da je proklet i osuđena na vječne muke, što je šokiranom suputniku opisao vrlo uvjerljivo. Bentsius također izvještava da se dva dana prije Adelmeove smrti dogodio spor u scenariju o prihvatljivosti smiješnog u prikazu božanskog i da su svete istine bolje predstavljene u grubim tijelima nego u plemenitim. U žaru svađe, Berengar je nehotice pustio, iako vrlo nejasno, o nečemu što je pažljivo skriveno u knjižnici. Spominjanje toga bilo je povezano s riječju "Afrika", a u katalogu je, među znakovima koje samo knjižničar može razumjeti, Benzius vidio vizu za "afričku granicu", ali kad se zainteresirao, zatražio je knjigu s tom vizom, Malachi je rekao da su sve te knjige izgubljene. Bentsiy također govori o onome čemu je svjedočio, prateći Berengara nakon spora. Wilhelm dobiva potvrdu Adelmove verzije samoubojstva: očigledno, u zamjenu za uslugu koja bi mogla biti povezana s Berengar-ovom sposobnošću kao knjižničarskog pomoćnika, potonji je uvjerio crtača u Sodomi grijeh, ozbiljnost kojeg Adelm nije mogao podnijeti i požurio je priznati slijepog Jorgea, ali umjesto toga primio je grozna obećanja o neposrednoj i strašnoj kazni. Svijest lokalnih redovnika previše je uzbuđena, s jedne strane, bolnom željom za znanjem o knjizi, s druge - neprestano zastrašujućim sjećanjem na vraga i pakla, a to ih često tjera da svojim očima vide nešto što čitaju ili čuju. Adelme sebe smatra već u paklu i u očaju odlučuje poravnati račune sa životom.
Wilhelm pokušava pregledati rukopise i knjige na stolu Venantia u scenariju. Ali prvo, Jorge, a potom i Benzius, pod raznim izgovorom, odvrate mu pažnju. Wilhelm moli Malachija da nekoga postavi za čuvanje i noću se zajedno s Adsonom vraća ovdje kroz otkriveni podzemni prolaz, koji knjižničar koristi nakon što navečer zaključa vrata Hrama iznutra. Među venancijskim papirima pronalaze pergament s nejasnim ekstraktima i tajnim znakovima, ali na stolu nema knjige koju je Wilhelm vidio danas popodne. Netko bezbrižno zvuči njegovu prisutnost u scenariju. Wilhelm juri u potragu i iznenada knjiga padne iz bjeguna u svjetlost fenjera, ali nepoznanica uspijeva je zgrabiti pred Wilhelmom i sakriti se.
Noću je knjižnica jača od dvoraca i zabranjuje stražare. Mnogi redovnici vjeruju da u mraku među knjigama lutaju strašna stvorenja i duše mrtvih knjižničarka. Wilhelm je skeptičan prema takvim praznovjerjima i ne propušta priliku da prouči spremište, gdje Adson doživljava efekte zakrivljenih ogledala i osvjetljenja impregniranog vizualno impozantnim sastavom. Labirint se pokaže složenijim nego što je Wilhelm očekivao, a samo zahvaljujući šansi uspijevaju pronaći izlaz. Od alarmiranog opata saznaju o nestanku Berengara.
Mrtav knjižničarski pomoćnik pronađen je samo dan kasnije u kupaonici koja se nalazi pored samostanske bolnice. Biljni liječnik i liječnik Severin skreće Wilhelmovu pozornost na činjenicu da se na prstima Berengara nalaze tragovi neke tvari. Travarica kaže da je isto vidio s Venantiusom kada je tijelo oprano krvlju. Pored toga, Berengar je jezik pocrnio - očito je monah otrovan prije nego što se utopio u vodi. Severin kaže da je jednom prilikom držao izuzetno otrovni napitak, čija svojstva ni sam nije poznavao, a onda je nestao pod čudnim okolnostima. Malachi, opat i Berengar znali su za otrov. U međuvremenu, veleposlanstva dolaze u samostan. Inkvizitor Bernard Guy stiže s papinskom delegacijom. Wilhelm ne krije neprijateljstvo prema njemu osobno i svojim metodama. Bernard najavljuje da će od sada istraživati incidente u klaustru iz kojeg, prema njegovom mišljenju, snažno miriše na vrag.
Wilhelm i Adson ponovno ulaze u knjižnicu kako bi isplanirali labirint. Ispada da su skladišta označena slovima, od kojih se, ako krenete određenim redoslijedom, sastavljaju uvjetne riječi i nazivi država. Otkrivena je i „granica Afrike“ - maskirana i čvrsto zatvorena soba, ali nisu našli način da uđu u nju. Bernard Guy pritvoren i optužen za pomoćnika liječnika u čarobnjaštvu i seosku djevojku, kojeg on vodi noću kako bi opustio požudu svog zaštitnika za ostacima samostanskih jela; Uoči, Adson ju je upoznao i nije mogao odoljeti iskušenju. Sad je sudbina djevojke riješena - kao vještica ona će ići na ulog.
Bratska rasprava između franjevaca i papinih predstavnika pretvara se u vulgarnu svađu tijekom koje Severin obavještava Wilhelma koji je ostao po strani od bitke da je u svojoj laboratoriji pronašao neobičnu knjigu. Slijepi Jorge čuje njihov razgovor, ali Bentsius također pretpostavlja da je Severin otkrio nešto što je ostalo od Berengara. Spor koji se nastavio nakon općeg smirivanja prekinula je vijest da je travarica pronađena mrtva u bolnici, a ubojica je već zarobljen.
Lubanju biljaka razbio je metalni nebeski globus koji je stajao na laboratorijskom stolu. Wilhelm na Severininim prstima traži tragove iste tvari kao Berengar i Venantius, ali ruke herbalista prekrivene su kožnim rukavicama koje se koriste u radu s opasnim drogama. Na mjestu zločina uhvaćen je Kelar Remigius, koji se uzalud pokušava opravdati i tvrdi da je u bolnicu došao kad je Severin već bio mrtav. Bentsiy kaže Williamu da je ovdje dotrčao među prvima, a onda je slijedio dolazne ljude i bio siguran: Malachi je već bio ovdje, čekao je u niši iza nadstrešnice, a zatim se tiho miješao s drugim redovnicima. Wilhelm je uvjeren da veliku knjigu odavde nitko ne bi mogao potajno iznijeti odavde, a ako je ubojica Malachi, ona bi i dalje trebala biti u laboratoriju. Wilhelm i Adson griješe u potrazi, ali gube iz vida činjenicu da su se nekadašnji rukopisi isprepletali u nekoliko svezaka. Kao rezultat toga, knjiga im prolazi neopaženo među ostalima koja su pripadala Severinu i pada u lukaviji Bentz.
Bernard Guy provodi suđenje u podrumu i, osudivši ga da je jednom pripadao jednom od heretičkih pokreta, prisiljava ga da prihvati krivnju za ubojstva u opatiji. Inkvizitora ne zanima tko je zapravo ubio redovnike, ali nastoji dokazati da je bivši heretik, koji je sada proglašen ubojicom, dijelio stavove franjevačkih duhovnika. To vam omogućuje da poremetite sastanak, što je, čini se, bila svrha zbog koje ga je papa poslao ovdje.
Na zahtjev Williama da mu da knjigu, Bentziy odgovara da ga je, čak i ne počevši čitati, vratiti u Malachi, od koga je dobio ponudu da zauzme slobodno mjesto pomoćnika knjižničarka. Nekoliko sati kasnije, tijekom crkvene službe, Malachi umire od konvulzija, jezik mu je crn, a prsti su Wilhelmu već poznati.
Opat najavljuje Williamu da franjevac nije ispunio svoja očekivanja i sljedećeg jutra on i Adson moraju napustiti samostan. Wilhelm prigovara da dugo zna o redovnicima iz sodomije, među kojima je opat smatrao uzrokom zločina. Međutim, to nije istinski razlog: oni koji znaju za postojanje "afričke granice" u knjižnici umire. Opat ne može sakriti da su ga Wilhelmove riječi dovele do neke pretpostavke, ali on odlučnije inzistira na odlasku Engleza; Sada namjerava stvari preuzeti u svoje ruke i na vlastitu odgovornost.
Ali William se neće povući, jer je došao blizu rješenja. Nasumično upita Adson uspije pročitati ključ u kriptografiji Venantiusa koji otkriva "granicu Afrike". Šeste noći boravka u opatiji ulaze u tajnu komoru knjižnice. Slijepi Jorge čeka ih unutra.
William ga je ovdje namjeravao upoznati. Propušteni redovnici, unosi u knjižnični katalog i neke činjenice omogućili su mu da otkrije da je Jorge nekad bio knjižničar, a kad je osjetio da slijepi slijedi, prvo je podučavao svog prvog nasljednika, zatim Malachija. Ni jedan ni drugi nisu mogli raditi bez njegove pomoći i nisu poduzeli korak bez da ga pitaju. Opat je bio ovisan i o njemu, jer je uz njegovo pomoć dobio svoje mjesto. Četrdeset godina slijepac je suvereni gospodar samostana. A vjerovao je da bi neki rukopisi knjižnice trebali zauvijek ostati skriveni od nečijih očiju. Kad je, zbog krivnje Berengar, jedan od njih - možda i najvažniji - napustio ove zidove, Jorge se potrudio da je vrati. Ova je knjiga drugi dio Aristotelove "Poetike", koji se smatra izgubljenom i posvećenom smijehu i smiješnom u umjetnosti, retoriki, u vještini uvjeravanja. Kako bi njezino postojanje ostalo tajno, Jorge ne oklijeva počiniti zločin, jer je uvjeren da će, ako se smijeh posveti autoritetom Aristotela, srušiti čitava uspostavljena srednjovjekovna hijerarhija vrijednosti, a kultura koja se njeguje u samostanima udaljenim od svijeta, kultura izabranih i posvećenih bit će proguta grad, trave, korijen.
Jorge priznaje da je shvatio od samog početka: William je prije ili kasnije otkrio istinu i promatrao kako joj se Englez približava korak po korak. On predaje Williamu knjigu, u želji da vidi koje je pet osoba već platilo svojim životom, i nudi je za čitanje. No franjevac kaže da je razotkrio taj vražji trik i vraća tijek događaja. Prije mnogo godina, kada je netko iz scenarija pokazao zanimanje za "afričku granicu", još uvijek vidljivi Jorge krao je otrov od Severina, ali ga nije odmah pustio u posao. Ali kad se Berengar, ne hvalisajući se pred Adelme, jednom nesmetano ponašao, već oslijepljeni starac diže se gore i natapa stranice knjige otrovom. Adelme, koja je pristala na sramotan grijeh kako bi se dotakla tajne, nije koristila podatke dobivene po takvoj cijeni, ali, zagrljena smrtnim užasom nakon ispovijesti s Jorgeom, pripovijeda Veneciji o svemu. Venantius stiže do knjige, ali da bi odvojio meke pergamentne listove, mora navlažiti prste na jeziku. Umre prije nego što može napustiti Hram. Berengar pronalazi tijelo i, uplašen da će istraga neizbježno otkriti što je bilo između njega i Adelma, prebacujući leš u bačvu krvi. Međutim, i on se zainteresirao za knjigu, koju je uzeo iz ruke Williama u scenariju. Dovodi je u bolnicu, gdje noću može čitati bez straha da će ga netko primijetiti. A kad otrov počne djelovati, on uzalud uleti u bazen nadajući se da će voda ukloniti plamen proždirajući ga iznutra. Tako knjiga ide prema Severinu.Poslano Jorgeu Malachiju ubija herbalista, ali on umire sam, želeći da otkrije što je zabranjeno u toj temi, zbog čega je stvoren ubojicom. Posljednji u ovom redu je opat. Nakon razgovora s Williamom, on je zahtijevao objašnjenje od Jorgea, štoviše: on je zatražio otvaranje "granice Afrike" i ukidanje tajnosti koju su u knjižnici utvrdili slijepac i njegovi prethodnici. Sada se guši u kamenoj vrećici drugog podzemnog prolaza do knjižnice, gdje ga je zaključao Jorge, a zatim razbio mehanizme za kontrolu vrata.
"Dakle, mrtvi su umrli uzalud", kaže Wilhelm: knjiga je sada pronađena, ali uspio se zaštititi od Jorgeovog otrova. Ali u ispunjenju svog plana, stariji je spreman sam prihvatiti smrt. Jorge suze knjigu i jede otrovane stranice, a kad Wilhelm to pokuša zaustaviti, on potrči, nepogrešivo vođen iz sjećanja na knjižnicu. Svjetiljka u rukama progonitelja ipak im daje neku prednost. Međutim, pregaženi slijepi uspijeva oduzeti svjetiljku i baciti je u stranu. Iz prolivenog ulja započinje vatra; Wilhelm i Adson žure za vodom, ali vraćaju se prekasno. Napori čitavog bratstva, odgajani alarmom, ne vode ni u što; vatra izlazi iz Hrama i širi se najprije od crkve, a potom i do ostalih zgrada.
Pred Adsonovim očima najbogatiji samostan pretvara se u pepeo. Opatija gori tri dana. Do kraja trećeg dana redovnici su, sakupivši malo što se moglo spasiti, ostavili pušače kao mjesto koje je Bog prokleo.