Jedan japanski industrijalac, pod utjecajem američke mode, odlučio je započeti izgradnju pojedinačnih atomskih skloništa, ali nisu uspjeli uspostaviti masovnu proizvodnju, pa je jedino sagrađeno sklonište napušteno. Pet godina kasnije, građevinsko poduzeće, koristeći bunker kao temelj, podiglo je trokatnicu, čija je stražnja strana bila uz padinu. U ovoj se kući nastanio čovjek koji je dobrovoljno napustio društvo. U nedavnoj prošlosti bio je osobni tajnik poznatog političara, oženio je svoju kćer i oglašavao atomska skloništa u građevinskoj tvrtki koju je kontrolirao njegov svekar.
Ali jednog lijepog dana, uzeo je od svoje supruge petogodišnjeg sina, kojeg su liječnici smatrali mentalno zaostalim, i počeo je živjeti s djetetom kao pustinjak u skloništu. Sam je imenovao odvjetnika onih koje je najviše volio na ovome svijetu - drveća i kitova. Promijenio je ime kako bi naglasio svoju novu suštinu, i počeo se zvati Ooki ("moćno stablo") Isana ("hrabra riba"). Bavi se fotografijama kitova, promatra dvogledom za stabla koja rastu vani. Da bi bio bliži prirodi, napravio je rupu u podu bunkera 30 × 30 centimetara i uronio u misli, stavljajući bosih nogu u stvarnu zemlju. Isana je snimala glasove raznih ptica, a njegov sin Džin naučio ih je točno prepoznati: pokazalo se da dječak ima neobično oštar sluh.
Jednom kada se incident dogodi u močvarnoj nizini koja je vidljiva kroz prozore skloništa. Mlada djevojka zavodi policijskog agenta, a prijatelji ga napadaju i oduzimaju mu pištolj. Kako bi se spasio, agent odabire najslabije napadače i, potrudivši se, stavi lisicu na ruku, dok drugi rukom klikne na ruku. Tinejdžeri su tukli agenta, a dječak pokušava odsjeći ruku kako bi pobjegao. Policijski agent otkopčava lisice i bježi, a tinejdžeri dugo vrište za njim.
Uvidjevši da su stabla prekrivena mladim lišćem i stekla osjećaj potpune sigurnosti, Isana, duhovno povezana s njima, također se osjeća zaštićenima i napušta utočište. I on se poput biljaka budi iz hibernacije i traži izlaz za energiju koja se nakupila u njemu. Zajedno s Jinom ulazi u autobus i odlazi u park, ali oni stižu prekasno: park je već zatvoren i vožnje ne rade. Čuvar im ipak nedostaje, a u napuštenom parku susreću grupu agresivnih tinejdžera od kojih jedan ima zavojenu ruku. Isana osjeća neshvatljiv strah i žuri se vratiti u sklonište. Idući u trgovinu i ostavi Jinu kod kuće sama, Isana također osjeća strah. Noću ima noćne more. Ima osjećaj da se njihovo sklonište stalno promatra. Jednom otkriva crtež na zidu kuće - krug i križ. Isana slika pored ovog uzorka očiju. U blizini kuće upoznaje djevojku, koja mu nudi da spava u svlačionici poznate glumice u napuštenom filmskom studiju, koja stoji malo dalje od močvarnih nizina. Isana ne odgovori ništa i odlazi, a noću čuje škripanje tinejdžera na krovu i brige o Jin, čiju krhku mentalnu ravnotežu tako lako narušava.
Sljedećeg dana Isana kroz dvogled gleda u ruševine filmskog studija i na prozoru paviljona vidi golu djevojku. Odjednom primjećuje grupu tinejdžera koji ga optužuju da ih špijunira. Pitaju zašto Isana i Jin žive ovdje bez ikakvog razgovora. Isana im objašnjava da je odvjetnik za drveće i kitove. Prijeteći odmazdom, tinejdžeri su prisilili Isana da pusti Boya u njegovu kuću, tinejdžera čija je rana počela gnojiti, i Inago, onu djevojku koja je predložila Isanu da spava s njom. Isana odlazi u ljekarnu po lijekove za pacijenta, dok Inago pazi na Jin. Na Isanovo iznenađenje, djevojčica prema bebi postupa pažljivo i pažljivo.
Jedan od tinejdžera, Takaki, govori Isani za stablo kitova. Kao dijete, Takaki je čuo za njega, sanjao o njemu, ali ga nikad nije vidio. Naziv "Kitovo drvo" daje Isanu topao osjećaj, također mu se počinje činiti da takvo drvo postoji. Vraćajući se iz ljekarne, Isana padne s bicikla. Tinejdžeri se smiju, uopće ne razmišljajući kako se može ozlijediti. Isana se divi njihovoj surovosti. Takaki stiže za Isanom u ukradenom automobilu i nastavlja priču o Kitovom stablu. Nekoliko dana kasnije Takaki prikazuje Isana predmemoriju tinejdžera: smjestili su se u napušteni filmski studio. Oni su demontirali šetnicu, koju je jedan od njih trebao čuvati, dijelovima su je odvukli do jednog od paviljona, i tamo su je skupili i počeli proučavati pomorstvo, da bi kasnije mogli uploviti. Tinejdžeri su ujedinjeni u Uniji besplatnih marinaca i žive upravo ovdje, opremljajući kabine u podrumu.
Vidjevši da je Takaki doveo Isana, Bitku, koji se gotovo oporavio i vratio u škver, želi ustrijeliti "ovog ludog čovjeka": nitko drugi ne bi trebao znati za njihov predmemoriju. Isana se ne boji smrti: Inago se toliko dobro brine za dječaka da može bez oca. Ali Isana mora ispuniti svoju misiju - poručiti pridošlicama iz drugih svjetova da na zemlji nije vladao čovjek, već kitovi i drveće. Borba se boji da će ih Isana prijaviti policiji, ali svi ostali tinejdžeri prožete su povjerenjem u Isana i nude mu da im se pridruži.
Čovjek pod nadimkom Korotky, koji već ima četrdeset godina, tako da je još stariji od Isana, kaže da se u trideset pet godina iznenada počeo smanjivati i još uvijek se smanjuje. Doista, njegovi udovi djeluju predugo u usporedbi s pretjerano kratkim tijelom. Poslan je u psihijatrijsku bolnicu, ali je odatle pobjegao. On nema mjesta u svijetu običnih ljudi, a osjeća se normalno u društvu adolescenata. Slušajući Isanovo razmišljanje o drveću i kitovima, tinejdžeri dolaze do zaključka da on ima ono što im nedostaje: sposobnost da svoje misli pretoče u riječi. Vjeruju da im može biti korisno njegovo izvrsno poznavanje riječi.
Isana priznaje tinejdžerima svoje grijehe: kad je bio njegov tajnik njegovog svekrva, dovodio je dječake k njemu, izlažući se njegovim perverzijama. Jednom su slučajno ubili dječaka, a od tada Isana nije znala mira. Kao "stručnjak za riječi", Isan počinje proučavati engleski jezik s tinejdžerima, birajući za ovaj "Moby Dick" i Dostojevskog u prijevodu s engleskog. U početku se boji da se razgovori starca Zosima tinejdžerima čine previše moralnim, ali oni ih slušaju s velikim zanimanjem, a riječ „molitva“ ih doslovno privlači. Na Isanovo iznenađenje, adolescenti su Jinu jako zavoljeli i uživali u slušanju ozbiljne glazbe. Isana živi u iščekivanju kraja svijeta, a tinejdžere čeka Veliki potres - imaju puno toga zajedničkog.
Tinejdžere privlači Savez slobodnih marinaca vojnik snaga samoobrane - voljeni Inago. Žele da ih nauči kako rukovati oružjem. Isana traži od svoje supruge Naobi da pronađe mjesto na obali u kojem bi on i njegovi prijatelji mogli živjeti dva do tri tjedna. Naobi pronalazi takvo mjesto za njih u Izuu, ali tamo Korotky počini izdaju - fotografira vojne vježbe Saveza slobodnih pomorca i prodaje fotografije tjedniku. Želi prisiliti tinejdžere da ga ubiju, vjerujući da će ih zločin ujediniti i pretvoriti Savez slobodnih pomoraca u vojnu organizaciju. Tinejdžeri dogovaraju suđenje Korotkyju, tijekom kojeg jedan od njih - Tamakichi - slučajno ozlijedi Korotkyja. Uvidjevši da je Kratka rana fatalna, adolescenti se odlučuju pogubiti ga. Svaki od njih baci kamen na njega. Isana i vojnik stoje odvojeno. Vojnik, zgrabi natovaren mitraljez i baci Inagoa, ukrca se na motocikl i bježi, tinejdžeri jure. Jedan od njih - Tamakichi - baca granatu na ribarsku stipendiju. Šona se pali i sumnja pada na vojnika. Vojnik počini samoubojstvo. Inago postaje Isanina ljubavnica, Isan, Dzini, Inago se vraćaju u Tokio, u utočištu. Tamo ih susreću tinejdžeri: uništavaju filmski studio, više im nije bilo kamo, a nakon razbijanja prozora popeli su se u Isanovo sklonište.
U paviljonu u filmskom studiju vodila se samo jedna bitka: on nikada nije pristao napustiti šofer. Da ona ne padne u krive ruke, on ga raznese. Radnici koji su uništavali filmski studio pretukli su Dječaka. Tamakichi odvodi umirućeg druga na kliniku na tokijsko sveučilište i ostavlja ga u arkadi. Tinejdžeri razmišljaju što dalje. Isana traži Naobi da pomogne dobiti novac za brod koji će ploviti s tinejdžerima. Naobi se sama kandidirala za izbore, a Isana se nada da bi bilo više isplativo da muž i sin plivaju u moru, štiteći kitove, nego da sjede u atomskom utočištu. Naobi obećava da će građevinskoj tvrtki ponuditi otkup skloništa i zemljišta od Isana - prihod će biti dovoljan za planirano poduzeće. Za svaki slučaj, adolescenti nabavljaju namirnice - ako imaju opsadu, trebat će im u skloništu, ali ako se očekuje plovidba, povest će ih sa sobom. Kako ne bi ugrozili dijete, tinejdžeri nude Isanu i Jin da napuste sklonište, no Isana želi obavijestiti svoju ženu da su ona i Jin uzete kao taoce - tada će joj sigurno staviti brod na raspolaganje. Policijski automobili vidljivi su s prozora skloništa. Motorni odred je okruživao zgradu. Tinejdžeri pucaju, policija je ispaljivala suzavac. Oni nagovaraju opkoljene da se predaju.
Tinejdžeri čekaju dolazak Isanove supruge. Naobi stiže, ali tvrdi da čak ni u ime života svog djeteta neće sklapati posao s kriminalcima. Tinejdžeri se hrabro bore, ali snaga nije na njihovoj strani i umiru jedan za drugim. Postaje jasno da im brod više ne treba: još uvijek nisu mogli ploviti, jer su poginuli navigator i radio operater. Tamakichi se namjerava boriti do kraja, ali ne želi da Savez slobodnih pomoraca nestane bez traga. Poziva Takakija da ga napusti i oživi. Isana podnosi ostavku na mjesto stručnjaka prema Savezu slobodnih marinaca, sada je u potpunosti predana dužnostima odvjetnika za kitove i drveće. Takaki priznaje da je njegova priča o Kitovom stablu izmišljotina, ali Isana prigovara da, čim ne može otići u Takaki dom i uvjeriti se u to, ništa ga ne sprječava da vjeruje da Kitovo stablo postoji. Takaki s bijelom zastavom napušta sklonište, a slijedi Inago s Jinom u naručju i liječnika (bivšeg studenta medicinskog instituta). Dok idu do automobila, policija ih je pretukla.
Kad automobil odveze one koji su se predali, vatrogasno vozilo s dizalicom vozi do skloništa i počinje rušiti zgradu. U skloništu su ostale samo Isana i Tamakiti. Isana se spušta u bunker. Spustivši noge na zemlju, on sluša film s vriskovima kitova. Voda udara u fontanu: izbacila ju je vatrogasna mašina, procurila je ispod temelja i začepila se na mjestu gdje je bila rupa u podu. Poklopac šahta diže se, čuju se pucnji. Isana puca u leđa. Voda se diže sve više i više. Obraćajući se dušama drveća i kitova, Isana im šalje posljednji oproštaj i umire.