: Mentalno zaostala osoba ima operaciju za povećanje inteligencije. Postaje genij, ali učinak operacije je kratak: heroj izgubi razum i nađe se u skloništu.
Pričanje provodi u prvom licu i sastoji se od izvještaja koje je napisao glavni lik.
32-godišnji mentalno zaostali Charlie Gordon živi u New Yorku i radi kao domar u privatnoj pekari, gdje ga je odnio ujak. Jedva se sjeća svojih roditelja i mlađe sestre. Charlie ide u posebnu školu, gdje ga učiteljica Alice Kinnian uči čitati i pisati.
Jednog dana gospođica Kinnian dovodi ga kod profesora Nemoura i dr. Straussa. Oni provode obavještajni eksperiment i treba im volonter. Gospođica Kinnian predlaže kandidaturu Charlieja, najsposobnijeg studenta svoje grupe. Charlie od djetinjstva sanja da postane pametan i s voljom se slaže, iako eksperiment uključuje rizičnu operaciju. Psihijatar i neurokirurg Strauss govori mu da svoje misli i osjećaje napiše u obliku izvještaja. Charliejeva prva izvješća puna su pogrešaka.
Charlie počinje prolaziti standardne psihološke testove, ali ne uspijeva. Charlie se boji da neće odgovarati profesoru. Gordon upoznaje miša Algernona, koji je već operirao. Eksperimentalna utrka prolazi kroz lavirint, a Algernon je svaki put brži.
7. ožujka Charlie je na operaciji. Jedno vrijeme se ništa ne događa. Nastavlja raditi u pekari i više ne vjeruje da će postati pametan. Radnici pekare ismijavaju Charlieja, ali on ništa ne razumije, i smije se onima koje smatra prijateljima. Ne govori nikome o operaciji i svaki dan ide u laboratorij da napravi pretrage. 29. ožujka Charlie prvi put prolazi labirint brže od Algernona. Gospođica Kinnian s njim se počinje baviti pojedinačno.
1. travnja radnici pekarnice odlučuju na trik na Charlieja i prisiljavaju ga da uključi mikser za tijesto. Odjednom Charlie uspije, a vlasnik ga promovira. Postepeno, Charlie počinje shvaćati da je za "prijatelje" samo klaun, nad kojim se nekažnjeno može zabavljati i zlo.
Dosegao sam novu razinu razvoja. Ali bijes i sumnja bili su prvi osjećaji koje sam iskusio za svijet oko sebe.
Prisjeća se najuvredljivijih slučajeva, postaje otvrdnut i prestaje vjerovati ljudima. Dr. Strauss provodi psihoterapijske seanse s Charliejem. Iako se Gordonova inteligencija povećava, o njemu se vrlo malo zna i emotivno je još uvijek dijete.
Charliejeva prošlost, prethodno skrivena od njega, počinje se raščistiti.
Izgledam kao čovjek koji je spavao pola života i sada pokušava otkriti tko je bio dok je spavao.
Krajem travnja Charlie se toliko mijenja da radnici pekare počinju s njim postupati sumnjivo i neprijateljski. Charlie se prisjeća svoje majke. Nije željela priznati da joj se sin rodio mentalno retardiran, tukao je dječaka, prisiljen je da studira u redovnoj školi. Charliejev otac bezuspješno je pokušavao zaštititi svog sina.
Charlie je zaljubljen u svoju bivšu učiteljicu Alice Kinnian. Nije uopće toliko stara kako se Charlie činio prije operacije. Alice je mlađa od njega i započinje nesavjesno udvaranje. Pomisao na vezu sa ženom užasne Charlieja. To je zbog majke, koja se bojala da će njezin mentalno zaostali sin nanijeti štetu mlađoj sestri. Udarila je dječaka u glavu da žene ne smije dirati. Charlie se promijenio, ali zabrana koja je stala u njegovu podsvijest još uvijek je na snazi.
Charlie primjećuje da viši kuhar pekarnice pljačka vlasnika. Charlie ga upozori, prijeteći da će reći vlasniku, krađa prestaje, ali odnos se potpuno pogoršava. Ovo je prva važna odluka koju je Charlie donio sam. Nauči vjerovati sebi. Charlie gura Alice da donese odluku.Priznaje joj svoju ljubav, ali ona razumije da još nije došlo vrijeme za takvu vezu.
Vlasnik pekare bio je prijatelj njegovog ujaka, obećao je da će se pobrinuti za Charlieja i ispunio je svoje obećanje. Međutim, Charlie se sada neobično promijenio, radnici ga se boje i prijete da će odustati ako Charlie ostane. Vlasnik ga moli da ode. Charlie pokušava razgovarati s bivšim prijateljima, ali mrze budalu koja je odjednom postala pametnija od svih njih.
Razlog je klinao između mene i svih koje sam poznavao i volio, otjerao me iz kuće. Nikad se nisam osjećala tako sama.
Charlie ne radi već dva tjedna. Pokušava pobjeći od samoće u naručju Alice, ali od njih ništa ne nastaje. Čini se da Gordon vidi sebe i Alice izvana, kroz oči bivšeg Charlieja, koji je užasnut i ne dopušta im da se konačno zbliže. Gordon se sjeća kako ga je sestra mrzila i sram ga se.
Charlie postaje sve pametniji. Ubrzo ga drugi prestaju razumjeti. Zbog toga se svađa s Alice - ona uz njega osjeća potpunu budalu. Charlie se odmiče od svih koje je poznavao i uranja u školu.
10. lipnja, profesor Nemour i dr. Strauss lete na medicinski simpozij u Chicagu. Glavni "eksponati" na ovom velikom događaju bit će Charlie i miš Algernon. Na avion, Charlie se prisjeća kako je njegova majka bezuspješno pokušao da ga izliječiti, da ga čine pametnijima. Potrošila je gotovo svu obiteljsku ušteđevinu na koju je njezin otac, prodavač frizerske opreme, želio otvoriti vlastiti frizer. Majka je ostavila Charlieja sama, nakon što se ponovno rodila i dokazala da je u stanju imati zdravu djecu. Charlie je sanjao da postane normalna osoba, tako da se njegova majka konačno zaljubila u njega.
Svakog dana učim nešto novo o sebi, a sjećanja koja su započela malim valom preplave me oluja u deset točaka.
Na simpoziju Charlie otkriva tako veliko znanje i visoku inteligenciju da profesori i akademici postaju blijedi pred njegovom pozadinom. To ne sprečava profesora Nemura da ga naziva "svojom kreacijom" izjednačavajući Charlija s mišem Algernonom. Profesor je siguran da je Charlie prije operacije bio "prazna školjka" i da nije postojao kao osoba. Mnogi smatraju Charlieja arogantnim i netolerantnim, ali on jednostavno ne može pronaći svoje mjesto u životu. U izvještaju o operaciji jačanja inteligencije, Gordon se osjeća kao eksperimentalna životinja. U znak protesta, on pusti Algernona iz kaveza, a zatim ga prvo pronalazi i odleti kući.
U New Yorku Gordon vidi novine s fotografijom majke i sestre. Prisjeća se kako ga je majka prisiljavala oca da ga odvede u sklonište. Nakon rođenja zdrave kćeri, mentalno zaostali sin pobudio je u njoj samo gnušanje.
Charlie iznajmljuje četverosobni namješteni stan u blizini knjižnice. U jednoj od soba uređuje trodimenzionalni lavirint za Algernon. Charlie ne prijavljuje gdje se nalazi s Alice Kinnigan. Ubrzo je susreo susjeda - slobodnog umjetnika. Kako bi se riješio usamljenosti i osigurao svoju sposobnost da bude sa ženom, Charlie stupa u vezu sa susjedom. Bivši Charlie se ne miješa u vezu, budući da je ta žena prema njemu ravnodušna, on samo gleda što se događa sa strane.
Charlie pronalazi oca koji se razveo od svoje žene i otvorio frizera u siromašnom kvartu. Ne prepozna sina i ne usuđuje se otvoriti. Gordon otkriva da se nakon napornog pijenja pretvara u mentalno zaostalog Charlieja. Alkohol oslobađa svoju podsvijest, koja još uvijek nije sustigla brzo rastući IQ.
Ništa u nama ne nestaje bez traga. Operacija je pokrila Charlie s tankim slojem kulture i obrazovanja, ali on je ostao. Gleda i čeka.
Sada se Charlie trudi da se ne napije. Dugo hoda, ulazi u kafić. Jednog dana ugleda konobara, mentalno zaostalog momka, baci pladanj s tanjurima, a posjetitelji ga počinju ismijavati.
Nevjerovatno je kako ljudi visokih moralnih načela ...nikad ne dopuštajući sebi da iskoriste čovjeka rođenog bez ruku, nogu ili očiju ... lako i nepromišljeno ismijavaju čovjeka rođenog bez razloga.
To potiče Gordona da nastavi svoj znanstveni rad kako bi koristio takvim ljudima. Nakon odluke, susreće se s Alice. Objašnjava da je voli, ali između njih stoji mali dječak Charlie koji se boji žena jer ga je majka tukla.
Charlie počinje raditi u laboratoriju. Nema vremena za ljubavnicu, a ona ga napušta. Algernon započinje čudne napade agresije. Ponekad ne može proći kroz svoj labirint. Charlie odvede miša u laboratorij. Pita profesora Nemoura što će učiniti s njim u slučaju neuspjeha. Pokazalo se da je Charlieju dodijeljeno mjesto u državnoj socijalnoj školi i bolnici "Warren". Gordon posjećuje ovo mjesto kako bi znao što ga čeka.
Algernonu je sve gore, odbija hranu. Charlie dostiže vrhunac u mentalnoj aktivnosti.
Kao da su se sva znanja koja sam stekao posljednjih mjeseci spojila i podigla na vrh svijeta i razumijevanja.
26. kolovoza Gordon nalazi pogrešku u proračunima profesora Nemoura. Charlie shvaća da će uskoro početi mentalnu regresiju, istu kao i Algernonova. 15. rujna Algernon umire. Charlie ga zakopa u dvorištu. 22. rujna Gordon posjećuje majku i sestru. Otkriva da njegova majka ima senilnost. Sestri je teško s njom, drago joj je što ih je Charlie pronašao. Sestra nije sumnjala da se njezina majka zbog sebe riješila Charlieja. Gordon obećava da će im pomoći sve dok bude mogao.
Gordonov IQ brzo opada, postaje zaboravljiv. Knjige, ranije voljene, sada su mu nerazumljive. Alice dolazi kod Gordona. Ovaj put bivši Charlie ne ometa njihovu ljubav. Ona ostaje nekoliko tjedana, briga za Charlie. Ubrzo odveze Alice - ona ga podsjeća na sposobnosti koje nije moguće vratiti. U izvješćima koja Charlie još uvijek piše sve je više pogrešaka. Na kraju postaju isti kao i prije operacije.
20. studenog Charlie se vraća u pekaru. Radnici koji su se rugali njemu sada ga pokrovljuju i štite. Međutim, Charlie se i dalje sjeća da je bio pametan. Ne želi biti pošteđena i odlazi k Warrenu. On piše oproštajno pismo gospođici Kinnian u kojem traži da položi cvijeće na Algernonov grob.
