Roman se sastoji od pet dijelova - svaki govori o jednom Gospodovom pogubljenju koje je palo na zemlju, kao što je prorok Ezekiel predvidio.
Prvi dio - "Parabola o izgubljenom bratu" - govori o drugom pogubljenju - gladi. Scena je gladna Ukrajina u vrijeme kolektivizacije; 1933. U seoskoj čajanki Maria, prosjačka djevojka, pokušava moliti nešto za Krista radi nje, ali nitko joj je ne daje - osim židovskog dječaka koji s njom dijeli nečisti kruh izgnanstva. Seljani su ogorčeni činom stranca; uzima se djevojčin kruh. Dječak koji je dao svoj kruh je Dan, Aspid, Antikrist, brat Krista Mesije. Kroz otkrivenja proroka, on komunicira s Gospodinom, koji ga je poslao na zemlju, u Rusiju, budući da je ovaj narod lagao Gospoda, odbio ga - i time zamijenio drveni jaram željeznim jarmom.
Djevojčica Marija, zajedno s mlađim bratom Vasjom, vraćaju se u njihovo izgladnjelo selo. Majka odluči razdvojiti obitelj - baciti jedno od djece u tuđinu, samo nekoga ostaviti; odlazi na posao u drugi grad. Prije odlaska vodi Mariju i Vasju u grad; gladnom djetetu stranac opet poslužuje kruh, ali njegova majka izbacuje komad „ne naš, nepravoslavni“. Kasnije će u gradu djeca opet tražiti od Antikrista za milostinju, ali ovaj put će ih zaustaviti policajac - prosjačenje je zabranjeno.
Napuštena od majke, djeca padaju u prijemnik. Njima se daje vodič kako bi se uz njihovu pomoć mogli vratiti kući. Na putu kondukter sili Mariju i bježi. Djeca opet odlaze u sklonište; noću im čuvar priča priču o "Božjem djetetu" o "Isusu Kristu", koju su mučili Židovi. Mary je odvedena iz grada. Djevojka bježi; Jednom sama u snježnom polju, ona luta kroz nju plačući Božjim krikom od kojeg srce prosvjetljuje. Maria traži stariju sestru Kseniju, u njenoj kući živi oko godinu dana. Jednom kad ona postane nepotreban svjedok obiteljskih scena (sestra vara svoga muža i ljubavnika), i ona se šalje natrag u selo. Tamo, također, nitko nije sretan; plačući od nepravde, Marija opet luta po polju; tamo upoznaje Anu, antikrista. Na pitanje o uzroku suza, djevojka odgovara: "jer su židovski Židovi ubili Sina Božjega i on je sada na nebu, a moj brat Vasya, na zemlji, u gradu Izum." Tako se obistinilo Izaijino proročanstvo: "Ja sam se objavio onima koji nisu tražili Mene, oni koji su me našli nisu me tražili."
Mary odlazi u Kerch, kod majke. Nakon nekog vremena, majka umire, Mary postaje lučka prostitutka. Jednom, gladna, ona ponovno upoznaje Dana, on joj daje nečisti kruh. Marija ga plaća svojom ljubavlju. Antikrist ide dalje; zemlja i ljudi zbog laganja Gospodinu predodređeni su za drugi sud - mač. Mary, osuđena na prostituciju i vrtoglavicu, u Danu je rodila sina, Vasya. 1936. umire.
Drugi dio započinje raspravom o oponašanju Gospodina - instinktivno ili putem uma. Autor brani ideju da Židovi nisu bolji i nisu lošiji ljudi; ali ovaj je narod izvanredan po svojim prorocima koji su znali slušati Gospodina. U "Usporedbi o agoniji opakih", govori se djevojci Annushki. Živi u Ržev s majkom i dva brata; jedan od njih umire po krivici svoje sestre. Jednom kad lopovi dođu u Annušku; tijekom istrage djevojka ukazuje na nevinog muškarca - on je poslan u zatvor. Majke dobivaju novi stan. Jednom Dan, Antikrist dolazi u Annušku. Ispitujući zidne slike na zidovima (Annushka živi u bivšoj crkvi - zbog tapete na zidu pojavljuje se Kristovo lice), razmišlja o činjenici da su crkveni ljudi zamijenili Krista idolom, osakaćenim aleksandrijskim redovnikom; sada, u proljeće 1941., ovog redovnika je zauzvrat zamijenio "pomoćnik asirske kupaonice" - Staljin. Iznad koliba Rzhev Antikrist ima viziju mača - Gospodinove se riječi ostvaruju: "Jao gradu krvi, i ugasit ću veliku vatru." Počinje rat. Annushka majka umire; djevojka odlazi u sirotište. Annushka, koja je uspjela komunicirati s Nijemcima tijekom okupacije, naučila je mrziti Židove. Djevojčica iz sirotišta Shulamith joj smeta. Zavidna činjenicom da je Židov tijekom evakuacije naišao na dobru majku, posvojiteljica, Annushka obavještava Nijemce da je Sulamith ne-Ruskinja. Židovka je ubijena, Annushka je poslana u Njemačku, da radi. Prije odlaska Dan dolazi u vlak i zamoli djevojku da u Njemačkoj naglas pročita list papira koji joj on daje. Antikrist mora proklinjati Nijemce, kao što je Gospod jednom prokleo Babilon kroz Jeremiju. Sam prorok ne može ući u zlu zemlju.
Jedna od žena koja je ukradena zajedno s Annushkom traži od Dana da joj uzme dijete, djevojčicu Pelageyu. Nijemci, koji su primijetili Židova, pokušavaju ga ubiti, ali nemoguće je ubiti Antikrista.
Annushka ispunjava Danovu narudžbu - prokleta je zlobna Njemačka koja mrzi Boga i svoje voljene ljude. Sama Annushka ubrzo umire od groznice.
Radnja "Usporedbe o preljubu", koja govori o trećem pogubljenju - požudi, događa se 1948. Obitelj Kolosov živi u volganskom gradu Boru - vojnik iz redova Andreja, njegova supruga Vera i dvije kćeri, Tasya i Ustya. U blizini živi čudna židovska obitelj - Dan Yakovlevich i njegova kćerka Rufina, koje su potpuno drugačije od Židovke. Vera Koposova, čiji je odnos sa suprugom vrlo kompliciran (vjeruje da mu je supruga bila nevjerna tijekom rata), nakon što je upoznala Dana, zaljubila se u njega. Shvativši da ne može izravno zavesti Židovku, sa sobom dovodi svoju kćer Tasju. Zaljubila se i u Dana, oni se upoznaju. O tim datumima otac saznaje. Zajedno s prevarantom Pavlovom pokušavaju ubiti Antikrista, ali to nije moguće. Faith dolazi k Danu i nudi joj zagovor u zamjenu za spavanje s njom. Antikrist, ljubavna kći, prisiljena je na preljubu s majkom. Rufina se slučajno ispostavila kao svjedok njihovog sastanka, a Tasia sve vidi i razgovara o grijehu majke s ocem. Prvo pokušava ubiti svoju ženu, a zatim toga dana umire od tuge. Rufina u međuvremenu bježi u šumu; ondje ju je gotovo silovao jeziv antisemit Pavlov; djevojka se spašava samo pojavom dva kopača. Nakon iskustva, Ruth shvaća da je ona proročica, i pomirila se s ocem, prokletstvo očišćeno od svog grijeha.
Četvrti dio, čija je osnova "Parabola o bolesti duha", govori o progonu Židova u ranim pedesetima. Prispome prethodi uvod - autorova promišljanja o ruskom antisemitizmu. Za ovu duhovnu bolest Bog šalje četvrtu kaznu - bolest, kugu.
Dvoje djece, Nina i Miša, iz Vitebska, dolaze u Moskvu, u obitelj Ivolgin, koju čine židovski umjetnički kritičar, njegova ruska supruga Klaudija i njihov sin Savely. Oni su nećaci Klaudija; njihovi su roditelji uhićeni pod optužbom za bjeloruski nacionalizam. Orioli, ljudi koji se boje svega, koji na svaki način kriju svoje židovstvo, napuštaju svoju djecu. Obitelj Ivolgin prešutno promatraju dva njihova susjeda iz stana - židovski domar Dan Yakovlevich i njegova kći. U zemlji u ovom trenutku postoje masovna otkrića židovskih kozmopolita. Kukavički Ivolgin koji se pokušavao zaštititi od uhićenja sudjelujući u progonu svojih ljudi, također je ubrzo uhićen. Na prvom ispitivanju istražitelj ga ubija.
Nakon 1953., udovica Claudia ima novog obožavatelja - starca Ilovaiskog, razumnog antisemita. Dugo je raspravljao s Danom o ruskom kršćanstvu. Kao primjer, starac razbije šalicu: cjelina, jednostavno je; slomljen, postaje kompliciran. Dan, antikrist, smatra da je nemoguće osporiti Ilovajskog - kršćanstvo je previše iskrivljeno u grčkim i srednjovjekovnim tumačenjima. Riječ o kojoj govori Evanđelje po Ivanu i Ilovajskom, u stvari samo degradira smisao.
Predgovor petog dijela, „Usporedba slomljenog kaleža“, autorov je diskurs o odnosu židovstva i kršćanstva. Junaci petog dijela su djeca Antikrista od različitih majki: Andrej Koposov, sin Vere, Vasilij Korobkov, sin Marijin, i Pelageya-Ruth, proročica, usvojena kći Dan. Vasily, Andrei i Savely Ivolgin studiraju na Književnom institutu. Sam Andrew dolazi do Biblije shvaćajući njezino značenje - suprotno kršćanskom. Nekada davno mladi se zbližavaju na modnoj reviji u Tretyakovskoj galeriji; Pelagia prepoznaje u militantnom antisemitu Vasilija sina svog oca. Psujući "Židove", pravi skandal. Nakon što se uvjerio u svoju sličnost s ocem, "židovcem", Vasily se objesio.
Andreja posjećuje njegova majka Vera Koposova. Kaže mu da je Danin sin. Andrei, "dobro sjeme", upoznaje svog oca; okupljena obitelj tiho slavi židovski vjerski praznik.
Polu-lud od neuzvraćene požude, Savely stvara dva "filozofska čovjeka" u tikvici alkemičara. U razgovorima s njima, on uči odgovore na najvažnija pitanja - o putovima do Boga, o istini, dobru i zlu, o racionalnom opravdanju vjere u Boga. Napokon pada u ludilo, a odvezen je u duševnu bolnicu.
Pelagia, koja živi djevica, osjeća da je došlo vrijeme da postane žena. Slijedeći primjer Lotinih kćeri, ona zavodi svog oca Antikrista. On, osjećajući da se Gospodin plan ostvaruje, siluje je u pijanom stanju. Proročica Pelagija začet je sina od Antikrista. Umre onaj koji je na zemlji učinio sve što mu je za njega određeno. Prije smrti upućuje svog sina Andreja, koji ide k Bogu na najteži način - kroz um, kroz sumnju.
Pelagijin sin i Antikrist, također Dan, sluša kako mu majka čita govore proroka Ponovljenog zakona, mnogo prije nego što je Krist izrazio iste ideje.
Andrei, Pelagia sa sinom i Saveliy, izliječen, odlaze iz grada u šumu. Gledajući oštru zimsku prirodu, oni shvaćaju bit antagonizma Krista i Antikrista: prvi je zaštitnik grešnika i progonitelja, drugi pokrovitelj žrtvama progona. Približava se računanje za progon, peto najgore pogubljenje je žeđ prema Gospodinovoj riječi od koje Krist neće spasiti.
