Na dan vjenčanja na Borisovu prijestolju, bojari izračunavaju plodove svoje vladavine: potisnutu kugu, završeni ratovi i žetve. Zaprepašteni su koliko dugo ga je Godunov trebao nagovoriti da preuzme vlast, a samo prijetnja ekskomunikacijom prisilila ga je na to. Boris se vraća iz katedrale, namjeravajući primiti veleposlanike. Voeikov najavljuje pobjedu nad sibirskim kanom. Engleski veleposlanik nudi mladenku Tsarevichu Fedoru; papski nuncij - sporazum o ujedinjenju crkava; Austrijski, litvanski, švedski, firentinski veleposlanici s poštovanjem mole nekoga za pomoć novcem ili trupama, tko za priznanje njihovog posjeda. Perzijski i turski veleposlanici međusobno se optužuju za napad na Iberiju, veleposlanik iberijskog kralja traži zaštitu. Kralj daje odgovarajući odgovor svima, pun dostojanstva i snage, i naređuje svima da budu dozvoljeni u kraljevske odaje ("Nema prepreka između ruskog naroda i cara!"). Ostavljen na miru, Boris pobjeđuje i, sjećajući se prinčeve smrti, odlučuje: tada je neizbježna cijena za veličinu države. Ubrzo nakon toga, dok je u samostanskoj ćeliji Irinu čekao da joj ošiša kosu, Boris sluša izvještaje Semjona Godunova Romanovima, nezadovoljni otkazivanjem praznika svetog Jurja; protiv Vasily Shuisky, lukavi i nepouzdani sluga, ali uvjeren u svoje snage, ne želi nikoga kazniti. Pojavi se Irina, a Boris, podsjetivši je na njegove kolebanje na putu do vlasti, traži da se opravda i prizna da je blagostanje Rusije vrijedno neistine kroz koju je postao kralj. Irina, odobravajući njegovo kraljevstvo, zahtijeva da ne zaboravi na svoju krivnju i ne oprosti sebi. Ostavljeni svaki sa svojim, oni dijele.

U palači djeca Borisa, Fjodora i Xenije slušaju priče o Christianu, danskom vojvodi, Xeninom zaručniku - o grubom djetinjstvu, o povratku na dvor, o bitkama u Flandriji sa španjolskim trupama, ali kad se Fedor žali na njegovu bezobzirnost, kršćanin primjećuje da njegov položaj, koji mu omogućava da proučava vladavine pod mudrim suverenom, mnogo je dostojniji. Christian priča kako je volio Kseniju prema pričama veleposlanika, trgovaca i zarobljenika, koji su uz veličinu Rusije slavili ljepotu, inteligenciju i krotkost princeze. Počinju razgovarati o Borisu, a svi se slažu u ljubavi prema caru, koji se zaboravlja na slavu i dobrobit države. Sva trojica se zaklinju da će pomoći jedni drugima. Christian traži od Borisa, koji je ušao u slučaju rata, da ruskim trupama omogući vodstvo, ali car je obeshrabruje mir koji je došao godinama. Djeca odlaze, a Semyon Godunov, koji je došao, objavljuje glasinu o čudesno spašenom princu Dimitriju. U svojim odajama, Tsarina Maria Grigoryevna pita činovnika Vlaseva o kršćanstvu i, bez obzira koliko je Julija Vlaševa, otkriva da je postojao osjećaj da kralj nije njegov otac, a stariji brat, koji sada vlada, ne voli ga. Ne uspijevajući dati obećanje od službenika da će svjedočiti Borisu, ona zove Dementjevnu i s rastućom razdraženošću saznaje da je Ksenia sjedila s bratom i mladoženjem, a car pozdravlja nove običaje. Tsarina koja je došla u Volokhov žali se da je Boris zgrabio Kseniju za Nijemce ne pitajući je, a Nijemci su, čini se, uključili princezu. Volokhov se obvezuje da će razmrsiti snagu kršćanina i srušiti ga ("Ima takav korijen"). U šumi, u pljačkaškom taboru, Ataman Khlopko prihvaća novo punjenje seljaka, proklinjući Borisa i ukidajući dan svetog Jurja. Pojavljuje se Posadski koji bez imalo straha zahtijeva da pusti svoje pratioce zarobljene od strane pljačkaškog mosta na cesti Moskvi i izvještava o istinitim vijestima o pojavi Tsarevich Dimitrija. Posadski pretuče Khlopa da ode u Bryansk i tamo, maltretirajući Tsarevich-ove trupe, dobije oproštenje i bori se protiv Godunova. Pojavljuje se Mitka, vukući dva odbjegla redovnika, Mihaila Povadina i Grishka Otrepyeva, koji traže da se pridruže pamučnoj vojsci. Kad Posadsky, zabavljajući pljačkaše borbom s Mitkom i zapovjedi da iskopaju bačve s vinom, iznenada nestane, ispada da redovnici koji su hodali s njim ne znaju tko je.

Boris je prisiljen priznati da ga je pojava novog neprijatelja gurnula na krvavi put. Semyon Godunov, optužen da je otkrio tko se krije iza imena Demetrius, kaže da ništa nije znao po cijenu mučenja. Oni traže ime Grishka Otrepyev, odbjeglog čudovišta, kako bi nekako preimenovali neprijatelja. Boris naređuje da umnože špijune i pronađu dokaze o Romanovima, a uz to, zbog neprestane gladi, predaju blagajnu ljudima, zapovjedivši mu da ne sluša bajke o knezu. Tsarevich Fedor traži da ga pošalje u trupe, Tsarevna Ksenia oplakuje promjenu Borisa i njegovu okrutnost; Kristijan pita je li Boris siguran u Tsarevičinu smrt i prepričava glasine. Djeca odlaze, pojavljuje se kraljica, puna kaustičnosti i razdraženosti kod kršćanina, s djecom tumačeći o "kralju". Kralj ostaje gluh na njezin zahtjev da pošalje kršćanina. Semyon Godunov izvještava o brzom napredovanju izdajnika, o prebacivanju trupa u njih i o tvrdoglavom otporu Basmanova. Vasily Shuisky poziva Borisa da sam krene u postrojbe ili da pošalje kraljicu krcata da svjedoči o smrti svog sina. Naredivši Shuiskyu da ruga jezike onima koji šire glasine, Boris šalje Dimitryja za majku. U kući Fedora Nikitiča Romanova bojnici Romanovs, Sitsky, Repnin i Cherkassky piju za kneza. Shuisky stiže, izvještava o Borisovoj naredbi, ispituje se u vezi s njegovom pretragom u Uglichu, odgovara neodređeno. Semyon Godunov sa strijelcima, optuživši publiku da želi otrovati suverena, otima sve u pritvor, opremivši Vasilya Shuiskog da izvrši ispitivanje. Boris, razmišljajući sam o ispunjenom predviđanju ("Ubijen, ali živ"), koji je došao Shuiskyu naredio je da se izjasni s čela da je i sam vidio truplo kralja u Uglichu. U međuvremenu, savjetnici guraju Christiana, objašnjavajući mu da bi se trebao odbiti oženiti Ksenijom, da se Boris izdao sa strahom, da je Ksenia kći negativca i sluge. Christian, osjećajući se priblizno drskosti, vjerujući u Borisovu krivnju, ne zna o čemu bi se odlučio. Dolazi Ksenia, a on, zbunjen riječima i mislima, govori o neizbježnoj razdvojenosti, a zatim je zove da pobjegne od njega od oca ubojice. Fjodor, koji je tiho ušao, zalaže se za svog oca, oni će se boriti, Ksenia, plačući, podsjeća na zakletvu koju su jedni drugima dali. Kršćanski bjesni i, smatrajući ga bolesnim, Ksenia i Fedor vode ga.

Na Crvenom trgu detektivi slušaju razgovore ljudi koji hodaju iz rekviema za Tsarevich Dimitrija (tamo je proglašena Grimka). Provocirajući, interpretirajući govor na način koji im odgovara, detektivi hvataju gotovo sve zaredom. Vasily Shuisky iz Mjesto pogubljenja govori dvosmisleno govoreći o neprijatelju koji napreduje i govori o potrazi u Uglichu, tako da ostaje nejasno tko je ubijeno dijete. Otprilike u to vrijeme prinčeva majka dovedena iz samostana, sada časna sestra Marta, čekajući Borisa i želeći osvetu, odlučuje prepoznati prevaranta kao sina; kaže da nije vidjela mrtvog sina izgubljenog osjećaja, a na spomen-službi suze su joj prekrile oči. Sada, čuvši za znakove Tsareviča koji se pojavio, priznaje da je čudom spašen i živ. Tsaritsa Maria Grigoryevna, želeći osuditi prijevaru, uvodi Volokhova. Izdaja koja je zahvatila Martu kad je vidjela ubojicu njezinog sina izdaje je, ali ona odbija javno priznati Demetrijevu smrt. Uskoro, liječnik izvještava Borisa o pogoršanju Christianovog zdravlja i o njegovoj nemoći. Semyon Godunov donosi pismo Dimitrija Ioannovicha u kojem je Boris najviše potisnut obećanom milošću u slučaju dobrovoljnog odricanja od prijestolja, a samim tim i povjerenja lopova u univerzalnu potporu. Boris zahtijeva da dovedu kratkodlakog Kleshnina kako bi bili sigurni u smrt princa. Ime mu je kršćanstvo, a on ubrzo obavještava Xeniju i Fedora o svojoj smrti.

Dvoje stražara, noseći noćnu stražu u prijestolničkoj komori, skrivaju se od straha kad se pojavi neprospavani Boris. Netko zamisli nečiju sliku na prijestolju i, pronalazeći straže, šalje ih da provjere tko tamo sjedi. Semyon Godunov dovodi Kleshnina, koji potvrđuje smrt Dimitrija, podsjeća da se bliži termin Borisove vladavine, koji su predviđali mudraci, poziva ga da se pokaje i napusti samostan. Ujutro, nakon što je primio od Basmanova koji je stigao informaciju o djelomičnoj pobjedi nad „lopovom“, Boris govori Fedoru o potrebi da se vjenča s prijestoljem i o zakletvi na koju će se staviti bojari. Fedor odustaje od prijestolja, jer nije siguran da "lopov" nije Demetrius. Boris smisleno nudi predstaviti Fedoru neosporne dokaze o Tsarevičevoj smrti, a on, shvativši zločin svog oca, užasnuto odbija dokaze i izjavljuje da će prihvatiti krunu. U blagovaonici, čekajući Basmanova i kralja, bojari proklinju obojicu i razmjenjuju vijesti o "knezu". Basmanov ulazi, žaleći se na svoje neprimjerene ekskomunikacije. Boris se pojavljuje s djecom. Boris nagrađuje Basmanova. Dječaci, primjećujući Xeniju tugu, sažale se nad njom i pitaju se što bi s njom, "kad on dođe u kraljevstvo." Boris zahtijeva zakletvu na vjernost Fedoru i odobrenje te zakletve u katedrali, gubi snagu i pada. S općom zbrkom izjavljuje da uzrok njegove smrti nije otrov, nego tuga, zalaže se bojarima da polože zakletvu, podsjeća da će se „samo zlo roditi od zla“ i, proglašavajući Fedora kraljem, odlazi