U romanu postoje tri priče: 1. - pripovijest vođena u ime anđela Agasfera, čije ime znači „Voljeni od Boga“; 2. - priča o životnom putu Paulusa von Eicena, mlađeg suvremenika Martina Luthera; 3. - korespondencija između profesora Siegfrieda Byfusa, ravnatelja Instituta za znanstveni ateizam u Istočnom Berlinu (GDR) i profesora Johanaana Leuchtentragera sa hebrejskog sveučilišta u Jeruzalemu.
Besmrtni duhovi Agasfer i Lucifer, koji je Bog stvorio prvog dana, bačeni su s neba zbog odbijanja klanjanja Adamu, koji je stvoren pred njihovim očima iz prašine i četiri elementa. Njihovi se putovi razlikuju, jer Agasfer se, za razliku od Lucifera, koji čezne za potpunim uništenjem svega stvorenog, nada da se svijet može promijeniti. Od sada je osuđen da luta zemljom do posljednjeg suda.
Agasfer pokušava uvjeriti Rebbe Yeshua, koji vjeruje da je on Božji Sin, koji je zaradio ljubav i naklonost Oca, da Bog, Stvoritelj Svemira, nije Bog ljubavi. Ako je Ješua doista Sin Božji, onda mora promijeniti ovaj svijet, pun okrutnosti, a ne pravde. Ali Yeshua se odbija boriti s Bogom i uspostaviti svoje kraljevstvo na zemlji: uvjeren je da je ljubav jača od mača, spreman je postati žrtva osuđena na klanje i preuzeti na sebe grijehe svijeta.
Agasfer zna sve što Yeshua očekuje: izdaju Judine, presudu, raspeće, smrt i uskrsnuće, nakon čega će se uzdići Bogu. Ali to, kao što Agasfer sigurno zna, neće ništa tako mudro urediti na svijetu. Agasferus upoznaje Lucifera koji ga, igrajući na pohlepu Jude Iscariota, nadahnjuje da izda svog učitelja, ako i sam želi da ga Juda izda. Agasfer zamjera Yeshua za pasivnost i predviđa da će nakon njegove smrti učenja biti izopačena i da će u ime ljubavi činiti okrutnost i nepravdu. Posljednji put Agasfer nagovara Yeshua da postane vođa i kralj Izraela, kada nosi križ na Kalvariju i želi se odmoriti pred vratima Agasferove kuće. Agasfer skriva Božji vatreni mač ispod svoje odjeće, spreman ga je podići zbog patnje i rastjerati svoje neprijatelje, ali želi potpuno popiti čašu koju mu je dao Otac. Agasfer, bijesan zbog svoje tvrdoglavosti, otjera Ješuu i psuje ga govoreći da će odsad on, Agasfer, morati čekati povratak Sina Čovječjega.
Lucifer uvjerava Agasfera da ide k Ješui i pita ga što je postigao preuzevši na sebe grijehe svijeta, jer svijet se nije poboljšao nakon mučeništva. Agasfer krši nebeski mir Sina Čovječjega i poziva ga na odgovornost, ali on i dalje tvrdi da je istina u Bogu, iako Agasfer vidi da se njegova vjera u Očevu mudrost i pravdu poljulja.
Agasfer i Ješua krenuli su u potragu za Bogom. Oni lutaju prostranstvom Šeola i susreću drevnog starješinu koji u pijesak piše slova Knjige života, a vjetar ih odmah puše. Ovaj starac je Bog. Dugo je razočaran u svojoj Kreaciji: ona živi po svojim zakonima i ne postoji način da se išta promijeni u ovom strašnom svijetu, koji je postao neprepoznatljiv čak i za njega, njegova Stvoritelja. Sin Čovječji ogorčen je činjenicom da ga je Otac poslao na križ, znajući unaprijed da će to biti uzalud. Sin Čovječji kreće u rat na svete temelje i započinje Armageddon, posljednja bitka na zemlji. Četiri konjanika, zvani Vatra, rat, glad i smrt, slijede Sina Čovječjega, a slijede horde Goga i Magoga i anđeli ponora, šestog dana Stvorenja, s Luciferom i Agasferom, bačeni s neba, a ispred njih je zvijer oko sedam glava i deset rogova, čije je ime Antikrist.
Lucifer i Agasfer promatraju pripreme za bitku. Zvijezde padaju s neba, otvarajući fontane ponora, cijela zemlja gori, ljudi se skrivaju u pećinama i planinskim klanama, ali čak i tamo smrt nadvladava. Sin Čovječji sa svojom vojskom prelazi nebo, diže se sve više u potrazi za novim Jeruzalemom, izgrađenim od jaspisa i čistog zlata, ali nigdje ga nema. Kad njegova vojska počne mrmljati. Sin Čovječji izjavljuje da je Bog pobijeđen i pobjegao, pa će od sada On, Sin Čovječji, postati Bog i stvorit će novo nebo i novu zemlju, kraljevstvo ljubavi i pravde, gdje čovjek čovjeku neće biti neprijatelj. Ali svi se smiju naivnim riječima Sina Čovječjega: četvorica konjanika, Gogi i Magogi i svih sedam glava Antikrista. Čuje se pakleni smijeh Lucifera, a pojavljuje se isti starac koji je napisao Knjigu života. Sin Čovječji pokušava ga ubiti mačem, ali stariji mu govori kako je Sin lik Oca i neodvojiv je od Njega. Starješina postaje toliko ogroman da sve što može stati u njegovu desnu ruku i izgovara Njegovo Ime, tajno Božje ime. U očima Agasfere, koja promatra taj prizor, sve nestaje: među praznom okolinom - samo lik Rebe-e Ješue, krhki i iscrpljeni. Agasfer čuje daljni smijeh: ovo je sve što ostaje od Lucifera, Gospodara ponora i velikog borca za red. Agasfer i Yeshu "padaju u ponor, koji je i prostor i vrijeme, a nema ni vrha ni dna, samo tokovi čestica - još nisu razdvojeni svjetlost i tama. Agasfer i Sin Čovječji spajaju se u ljubavi i postaju jedno, a od tada Bog je jedno sa svojim Sinom, tada Agasfer postaje jedno s Njim: "jedno biće, jedna velika misao, jedan san".
Studiosus Paulus von Eicen, putujući u Wittenberg radi studija s Lutherom i Melanchthonom, upoznaje se s izvjesnim Hansom Leuchtentragerom (značenje njemačkog prezimena Leuchtentrager identično je značenju imena Lucifer: nošenje svjetla, nosač svjetla), što postaje njegov stalni pratitelj i vrijedan savjet Eicen cijeli život. Zahvaljujući Hansovoj pomoći koja poznaje sve tajne magije i čarobnjaštva; lijen i kratkovidan, ali ambiciozan Eicen uspješno polaže ispite, stječe Lutherovo povjerenje i podršku te postaje župnikom. Pravi karijeru bez razmišljanja zašto se Hans brine za nju i koje ciljeve nastoji. Tajanstveni lik Vječnog Židova, ili Agasfera, koji neprestano napušta pohlepni i voljni Eicen, žestoki antisemit, za koga je kršćanska religija samo način da se obračuna sa svojim protivnicima i postigne snažan položaj u društvu, više puta se diže na životni put Eitsena.
Eicen organizira spor između kršćana i Židova i poziva Vječnog Židova, Agasferu, da svjedoči da je Isus bio pravi Mesija i Sin Božji. Tako se Eicen nada da će Židove pretvoriti u pravu vjeru i postati poznati diljem Njemačke. Ali Agasfer samo ismijava glupost i religiozno licemjerje Eicena, zbog čega ga je podvrgnuo surovim mučenjima. Agasfer, pretučen rukavicama, umire, a Eitsen se nada da se napokon riješio dosadnog Židova. Mnogo godina prolazi, ali Agasfer, mlad i podrugljiv kao i na prvom sastanku, opet se pojavljuje pred ostarelim Eicenom. Zajedno s Leuchtentragerom, koji se više ne krije da je Lucifer, gospodar podzemlja, Agasfer, oduzima dušu Eicenu, pročitavši mu riječi proroka Ezekiela, razotkrivajući zle pastire.
Profesor na hebrejskom sveučilištu Johanaan Leuchtentrager stupa u korespondenciju sa Siegfriedom Weifusom i obavještava ga da lično poznaje Agasfera, suvremenika Rebebe Yeshua ili Isusa Krista. Militantni ateist Byfus, koji zauzima položaj dijalektičkog materijalizma, pokušava Leuchtentrageru dokazati da to ne može biti, ali na kraju prepiske toliko je fasciniran misterijom Agasfere da "nadležne vlasti" GDR-a, koje promatraju prepisku dvojice profesora, napokon preporučuju Byfusu ne odgovaraju na pisma iz Izraela: zabrinuti su da Leuchtentrager ide sa svojim prijateljem Agasferom da dođe u DDR i tako uvjeri marksističkog Byfusa u stvarno postojanje Vječnog Židova. Međutim, nitko ne uspijeva spriječiti njihov dolazak u DDR. 31. prosinca 1981. posjetili su Byfus na Institutu za znanstveni ateizam, nakon čega ih je pozvao u svoj dom, gdje se njegova obitelj, u krugu mnogih prijatelja, pripremala za proslavu Nove godine.
Byfus je u svom uredu zaključan s Agasferom i Leuchtentragerom i, kako kasnije kaže njegova supruga, dugo se svađa s njima. Poslije ponoći velika je rupa s ugljenisanim rubovima pronađena u zidu Byfusove urede, ali ni on ni njegovi izraelski kolege nisu u sobi. Tijekom istrage ispada da izraelski državljani A. Agasfer i I. Leuchtentrager nisu dobili vize, a kontrolne točke nisu registrirale njihov ulazak i izlazak. Kasnije postaje poznato da su se u noći 31. prosinca 1980. na 1. siječnja 1981. na straži od graničnog tornja na graničnom prijelazu Friedrichstrasse u zraku kretale tri neidentificirane osobe. Vatreni rep pružao se za dvoje, a trećeg su nosili pod oružjem. Nasilnici granice preletjeli su preko granice DDR-a, nakon čega su stekli visinu i nestali iz vida. No "nadležna tijela" saznala su za to puno kasnije, budući da su dežurni službenici optuženi da su tijekom služenja alkohola konzumirali alkohol i oni su izdržavali svoje kazne.
