Ožujka 1865. U Sjedinjenim Američkim Državama, tijekom građanskog rata, pet jedušaca-sjevernjaca bježalo balonom od južnjačkih bogataša. Strašna oluja baci ih četvero na obalu nenaseljenog otoka u Južnoj hemisferi. Peti čovjek i njegov pas skrivaju se u moru kraj obale. Ovaj peti - izvjesni Cyres Smith, talentirani inženjer i znanstvenik, duša i vođa odreda putnika - nenamjerno drži svoje suputnike u napetosti nekoliko dana, a nigdje ne mogu naći ni njega ni psa kojeg je Top posvetio. Bivši rob najviše trpi, a sada je Smithov vjerni sluga crnac. U balonu su bili i ratni novinar i Smithov prijatelj, Gideon Spilet, vrlo energičan i odlučan čovjek s promuklim umom; mornar Pencrof, dobrodušan i avanturistički podrugljivac; Petnaestogodišnji Harbert Brown, sin kapetana broda na kojem je Pencrof plovio, ostao je siroče i kojega mornar tretira kao svog vlastitog sina. Nakon naporne potrage, Nab napokon pronalazi svog neobjašnjivo spasenog domaćina, milju od obale. Svaki od novih doseljenika na otoku ima nezamjenjive talente, a pod vodstvom Cyresa i Spileta, ti hrabri ljudi okupljaju se i postaju ujedinjena ekipa. Prvo, koristeći najjednostavnija sredstva pri ruci, zatim proizvodeći sve složenije predmete rada i kućanskih dobara u vlastitim malim tvornicama, doseljenici opremljaju svoj život. Lovi, skupljaju jestive biljke, ostrige, a potom čak uzgajaju domaće životinje i bave se poljoprivredom. Uređuju smještaj za sebe visoko u stijeni, u špilji oslobođenoj od vode. Uskoro, zahvaljujući njihovom napornom radu i inteligenciji, kolonisti više ne poznaju potrebu za hranom, odjećom, toplinom i udobnošću. Imaju sve, osim vijesti o svojoj domovini, čiju sudbinu jako brinu.

Jednom, vraćajući se u svoje prebivalište, nazvano od njih Granitna palača, vide da majmuni šeću unutra. Nakon nekog vremena, kao da su pod utjecajem suludeg straha, majmuni počinju skakati kroz prozore, a nečija ruka baca uže ljestve koje su majmuni podigli u kuću. Unutra ljudi pronalaze drugog majmuna - orangutana, kojeg drže i zovu ujaka Jupe. U budućnosti, Jupe postaje prijatelj, sluga i nezamjenjiv pomagač ljudima.

Neki drugi dan doseljenici pronalaze u pijesku kutiju s alatima, oružjem, raznim aparatima, odjećom, kuhinjskim priborom i knjigama na engleskom jeziku. Naseljenici se pitaju odakle ta kutija može poticati. S karte, koja se također pojavila u kutiji, otkrivaju da je pored njihovog otoka, na karti koja nije označena, otok Tabor. Mornar Pencrof jedva čeka k njemu. Uz pomoć svojih prijatelja gradi bot. Kad je bot spreman, svi zajedno odlaze na probno putovanje oko otoka. Za vrijeme njega pronađu bocu s bilješkom na kojoj piše da brodolom od olupine čeka spas na otoku Taboru. Ovaj događaj jača Pencroffovo samopouzdanje u posjetu susjednom otoku. Pencrof, novinar Gideon Spilet i Harbert otplovili su. Dolazeći u Tabor otkrivaju malu baraku u kojoj, po svim pokazateljima, nitko dugo ne živi. Oni se razbacuju po otoku, ne nadajući se da će vidjeti živu osobu i pokušavaju pronaći barem njegove ostatke. Odjednom čuju Harberta kako vrišti i žuri mu u pomoć. Ugledaju Harberta kako se bori s nekakvim stvorenjem majmuna. No, majmun se ispostavi kao bjesomučan čovjek. Putnici ga vežu i prevoze na njihov otok. Daju mu zasebnu sobu u Granit palači. Zahvaljujući njihovoj pažnji i brizi, divljak se ubrzo vraća u civiliziranog čovjeka i priča im svoju priču. Ispada da mu je ime Ayrton, on je bivši zločinac, htio je zauzeti jedrilicu Duncan i uz pomoć istih tegova društva pretvorio se u gusarski brod. Međutim, njegovim planovima nije bilo suđeno da se ostvare i kao kaznu prije dvanaest godina ostao je na nenaseljenom otoku Taboru kako bi ostvario svoje djelo i iskupio svoj grijeh. Međutim, vlasnik "Duncana" Eduard Glenarvan rekao je da će se jednog dana vratiti za Ayrton. Doseljenici vide da se Ayrton iskreno pokaje za svoje prošle grijehe i pokušava im u svakom pogledu biti koristan. Stoga nisu skloni da ga sude za prošlo kršenje i voljno ga prihvaćaju u njihovom društvu. Međutim, Ayrtonu treba vremena i zato traži priliku da živi u koralju koji su doseljenici gradili za svoje pripitomljene životinje na nekoj udaljenosti od Granitne palače.

Kad se bota noću vratio u oluju s otoka Tabor, spasila ga je vatra, koju su, kako su mislili, lebdeći na njoj, zapalili njihovi prijatelji. Međutim, ispada da oni u tome nisu bili uključeni. Ispada i da Ayrton nije bacio bocu note u more. Naseljenici ne mogu objasniti ove tajanstvene događaje. Sve su više skloni ideji da pored njih, na otoku Lincolnu, dok su ga krstili, ima još netko, njihov misteriozni dobročinitelj, koji im često pritekne u pomoć u najtežim situacijama. Čak se upuštaju u potragu u nadi da će pronaći njegovo prebivalište. No, potraga završava bez uspjeha.

Sljedećeg ljeta (otkad se Ayrton pojavio na njihovom otoku, i prije nego što im je ispričao svoju priču, prošlo je već pet mjeseci, a ljeto je prošlo, i opasno je ploviti u hladnoj sezoni), odlučuju se vratiti u Otoci Tabor ostaviti notu u kolibi. U bilješci namjeravaju upozoriti kapetana Glenarvana ako se vrati da Ayrton i pet ostalih žrtava sudara čekaju pomoć na susjednom otoku.

Naseljenici žive na svom otoku već tri godine. Njihov život, njihovo gospodarstvo postigli su prosperitet. Oni već beru bogate usjeve pšenice uzgojene iz jednog zrna, koje je prije tri godine pronađeno u Harbertovom džepu, sagradili su mlin, podigli perad, potpuno opremili svoje prebivalište, napravili novu toplu odjeću i pokrivače od muflonske vune. Međutim, njihov miran život zasjenio je jedan incident koji im prijeti smrću. Jednom, gledajući more, u daljini vide dobro opremljen brod, ali iznad broda leti crna zastava. Brod se sidri uz obalu. Pokazuje prekrasne daleke puške. Ayrton se ušuljao u brod pod okriljem noći da obavi izviđanje. Ispada da na brodu ima pedeset gusara. Čudesno skliznuvši s njih, Ayrton se vraća na obalu i govori svojim prijateljima da se trebaju pripremiti za bitku. Sljedećeg jutra s broda se spuštaju dva čamca. Na prvom, doseljenici pucaju tri, a ona se vraća, drugi slijeće na plažu, a šest preostalih gusara na njoj skriva se u šumi. Topovi se iskrcaju s broda, a on se još bliže obali. Čini se da ništa nema snage spasiti šačicu doseljenika. Odjednom se ogroman val nadvija pod brod, i on tone. Svi gusari na njemu umiru. Kako se kasnije ispostavilo, brod je digao u zrak mina, a ovaj događaj konačno uvjerava stanovnike otoka da nisu sami ovdje.

U početku, oni neće ići istrebiti gusare, želeći im pružiti priliku da vode miran život. Ali ispada da pljačkaši nisu sposobni za to. Počinju pljačkati i paliti domaćinstva doseljenika. Ayrton odlazi do koralja kako bi posjetio životinje. Gusari ga hvataju i odvode u pećinu, gdje ga žele mučiti kako bi pristali ići mu na stranu. Ayrton ne odustaje. Prijatelji mu priteku u pomoć, ali teško je ozlijeđen u koralju Harberta, a njegovi prijatelji ostaju u njemu, ne mogavši ​​se vratiti s mladićem koji je umro. Nakon nekoliko dana još uvijek odlaze u palaču Granit. Kao rezultat tranzicije, Harbert započinje zloćudnu groznicu, on je na smrt. Opet, providnost intervenira u njihove živote i ruka njihovog dobrog misterioznog prijatelja baca im potreban lijek. Harbert se potpuno oporavlja. Naseljenici namjeravaju zadati gusarima posljednji udarac. Odlaze do koralja, gdje ih namjeravaju naći, ali nađu Ayrtona, koji je iscrpljen i jedva živ, i u blizini, leševe razbojnika. Ayrton izvještava da ne zna kako je završio u koralju, koji ga je doveo iz pećine i ubio gusare. Međutim, on prenosi jednu tužnu vijest. Prije tjedan dana razbojnici su otišli na more, ali, ne znajući kako kontrolirati robota, provalili su ga na obalne grebene. Putovanje do Tabora mora se odgoditi do izgradnje novog vozila. Tijekom sljedećih sedam mjeseci tajanstveni stranac se ne osjeća. U međuvremenu se na otoku budi vulkan, za koji su kolonisti mislili da je već mrtav. Grade novi veliki brod koji bi ih, ako je potrebno, mogao isporučiti u naseljeno zemljište.

Jedne večeri, već pripremajući se za krevet, stanovnici palače Granit čuju zvono. Telegraf koji su proveli od koralja do svog doma radi. Hitno su pozvani u koralj. Tamo pronalaze bilješku u kojoj traže da idu uz dodatnu žicu. Kabel ih vodi do ogromnog grotla gdje na njihovo čuđenje vide podmornicu. U njemu se upoznaju s njegovim gospodarom i njegovim zaštitnikom, kapetanom Nemo, indijskim princom Dakkarom, koji se cijeli život borio za neovisnost svoje domovine. On, već šezdesetogodišnjak koji je pokopao sve svoje suradnike, blizu je smrti. Nemo daje novim prijateljima kovčeg s draguljima i upozorava da će otok (takav je njegova struktura) kada erupcija vulkana eksplodira. On umire, doseljenici otvaraju poklopce broda i spuštaju ga pod vodu, a novi brod neumorno grade cijeli dan. Međutim, nemaju vremena to dovršiti. Čitav život propada tijekom eksplozije otoka, od kojeg je ostao samo mali greben u oceanu. Naseljenici, koji su noć proveli u šatoru na obali, zračni val ubacuju u more. Svi oni, s izuzetkom Jupe, ostaju živi. Više od deset dana sjedili su na grebenu, gotovo umirali od gladi i više se nisu nadali ničemu. Odjednom vide brod. Ovo je Duncan. Sve spašava. Kako se kasnije ispostavilo, kapetan Nemo, dok je bot još bio netaknut, lebdio je na njemu Taboru i ostavio bilješke spasiocima.

Vraćajući se u Ameriku zbog nakita koji mu je poklonio kapetan Nemo, prijatelji kupuju veliki komad zemlje i žive na njemu na isti način kao što su živjeli na otoku Lincoln.