U kući Ivana Petroviča Šuskog, u nazočnosti mnogih svećenika i nekih drugova, odlučuju se razvesti Fjodora Ioannoviča s Tsarinom, Godunovinom sestrom, zahvaljujući kojoj je, po svemu sudeći, i Boris. Sastavljaju papir u kojem, sjećajući se neplodnosti kraljice i neimaštine Demetrija, traže od kralja da sklopi novi brak. Golovin nagovještava Shuiskyja o mogućnosti postavljanja Demetrija umjesto Fedora, ali dobiva strogu odbojnost. Princeza Mstislavskaya nosi goste uokolo, pije Fedorovo zdravlje. Shakhovsky, mladoženja Mstislavskaje, vezista Volokhov zove mjesto tajnog sastanka. Ivan Petrovič šalje molbu mitropolitu, žaleći potrebu da se kraljica uništi. Fedyuk Starkov, njegov batler, izvještava o onome što je Godunov vidio. Nakon što je od Uglicha dobio informacije o Golovinovoj vezi s Nagimi i vidjevši prijetnju njegovoj moći, on objavljuje svojim pristalicama Lup-Kleshninu i princu Tureninu odluku da se pomiri sa Shuiskyjem. Fyodor stiže, žaleći se na isprepletenog konja. Pojavljuje se kraljica Irina, koju Fedor nesretno izvještava o ljepotici Mstislavskoj, koju je vidio u crkvi, i odmah uvjerava kraljicu da je za njega ljepša od svih ostalih. Godunov govori o želji da se pomiri sa Shuiskyjem, a car se s radošću bavi.
Fedor najavljuje svoju namjeru pomiriti Godunova sa Shuiskyom i traži pomoć od mitropolita Dionizija i drugih svećenstva. Dionizije optužuje Godunova da je tlačio crkvu, bio popustljiv prema hereticima i nastavio s naplatom poreza od kojeg je crkva oslobođena. Godunov mu predstavlja zaštitna pisma i izvještaje o počinjenom progonu hereze. Kralj traži podršku od Irine i drugova. U pratnji narodnog entuzijazma dolazi Ivan Petrovich Shuisky. Fedor ga zamjera što nije posjetio Dumu, Shuisky je obeshrabren nemogućnošću pristajanja na Godunov. Fjodor, sjećajući se Pisma i pozivajući svećenike za svjedoke, govori o koristima pomirenja, a Godunov, poslušan njemu, nudi Shuiskyjevu suglasnost. Shuisky ga zamjera što nije želio dijeliti državnu upravu, što je Ivan zavjetovao petorici dječaka: Zaharyinu (preminuo), Mstislavskom (nasilno garantovao), Belskyu (u progonstvu), Godunovu i Shuiskyu. Godunov, opravdavajući se, govori o Shuiskyjevoj bahatosti da je on koristio jedinu snagu u korist Rusije, što također dokazuje; dodaje da je težak zadatak stavljanja frustrirane države u red bio upravo Šujski. A kad Ivan Petrovič nazove svog pristaša mitropolita, izvještava o Godunovim postupcima u korist crkve i uvjerava Šujskog da mir. Irina, pokazujući svoje vezeno pokriće za Pskovsko svetište, priznaje da je to njezin molitveni zavjet za spas Shuiskyja, kojeg su jednom opkolili Litvanci u Pskovu. Uzbuđeni Shuisky spreman je zaboraviti staro neprijateljstvo, ali zahtijeva od Godunova sigurnost suradnicima. Godunov zakune i poljubi križ. Pozivaju izabrane iz gomile koju je doveo Shuisky. Fyodor razgovara sa starcem i ne zna kako ga zaustaviti, u svom nećaku prepoznaje trgovca Krasilnikov, koji ga je nedavno zabavljao borbom s medvjedima, prisjeća se svog brata Goluba, koji je Shasthovskom pobijedio u šakama - Godunov i Shuisky nisu odmah uspjeli vratiti caru na što su ga izabrali birači , Shuisky najavljuje pomirenje s Godunovom, trgovci su zabrinuti ("Pomirite nam glave"), Shuisky je nerviran zbog svog nepovjerenja u osobu koja se upravo zaklela na križu. Trgovci traže zaštitu od kralja Godunova, ali on ih šalje Borisu. Boris tiho naređuje da zapišu imena trgovaca.
Noću u vrtu Shuisky princeza Mstislavskaya i Vasilisa Volokhova čekaju Shahovhovskog. Dolazi, priča o ljubavi, o nestrpljenju s kojim vjenčanje čeka, smije se joj i šali se s njom. Krasilnikov dolazi, pušta unutra, Šahovski se skriva, zove Ivana Petroviča i izvještava da su svi koji su bili s carom bili zarobljeni po Godunovljevoj naredbi. Šokirani Shuisky naređuje Moskvi da se podigne u Godunov. Nagovijestio je da se Dimitri Golovin naglo prekinuo, govoreći da ga je Boris prevario u prevari, otišao je caru. U međuvremenu, preostali dječaci raspravljaju o peticiji, tražeći novu kraljicu. Vasily Shuisky zove princezu Mstislavskaya. Njezin se brat nije odmah odlučio, želeći pronaći barem razlog svađe sa Šahovskim. Dok on oklijeva, Golovin upisuje princezu ime princeze. Pojavljuje se Shakhovskaya, izjavljujući da se neće odreći mladenke. Nalaze se i princeza i Volokhova. Općim krikom, uzajamnim prijetnjama i prigovorima, Shakhovskaya zgrabi pismo i bježi. Godunov predstavlja carske državne novine u čiji sadržaj ne ulazi, ali slaže se s Borisovim odlukama. Tsarina Irina govori o pismu Uglicha od Dowager Queen s molbom da se vrati s Dimitrijem u Moskvu. Fyodor je slučaj povjerio Borisu, ali Irina je od njega tražila rješenje "obiteljske afere"; Fedor se svađa s Borisom i smeta mu njegova upornost. Shuisky dolazi, žali se na Godunova. Ne otključava, objašnjavajući da trgovci nisu uzimani za prošlost, već za pokušaj uznemiriti svijet između njega i Shuiskyja. Car je spreman oprostiti Godunovu, vjerujući da se jednostavno nisu razumjeli, ali neumoljivi zahtjev da se princ ostavi u Uglichu konačno je bijesan na kralja. Godunov kaže da je ustupio mjesto Shuiskyju, Fedor ga moli da ostane, a Shuisky, ranjen carskim ponašanjem, odlazi. Kleshnin donosi pismo Golovina Nagima poslano iz Uglicha, Godunov ga pokazuje caru, zahtijevajući da Shuisky bude priveden i, po mogućnosti, pogubljen. U slučaju neuspjeha, prijeti da će otići. Šokiran Fedor nakon dugog oklijevanja odbija Godunovine usluge.
Ivan Petrovič Šujski tješio je princezu Mstislavskuju: neće joj dopustiti da se uda za cara i nada se da ih Shakhovskaya neće obavijestiti. Pošiljajući princezu, prihvaća bojre i bjegunce Krasilnikov i Golubu te, pretpostavljajući uklanjanje osiromašenog Fedora i ustoličenje Demetrija, određuje svačije zadatke. Otuđeni Godunov, koji sjedi kod kuće, pita Kleshnina za Volokhovu i mnogo puta ponavlja, "kako bi ona razljutila princa". Kleshnin šalje Volokhova u UGLICH novu majku, naređuje mu da se zaštiti i nagovještava da će je, ako princ koji pati od padova, ubiti, neće je pitati. U međuvremenu, Fedor ne može shvatiti papire koji su mu predstavljeni. Kleshnin stiže i izvještava da se Boris razbolio od frustracije, a Shuisky mora biti odmah zatvoren zbog namjere da digne Demetrija na prijestolje. Fedor ne vjeruje. Ulazi Shuisky, kojemu Fedor govori otkaz i traži od njega da se opravda. Princ odbija, kralj inzistira, Kleshnin gura. Shuisky priznaje pobunu. Fjodor, uplašen da će Godunov kazniti Šujskog za izdaju, izjavljuje da je on sam naredio da se Tsarevich postavi na prijestolje i iz sobe izbaci šokiranog Shuiskyja. Shakhovskaya provali u kraljevske odaje i zatraži da mu vrate nevjestu. Fedor, vidjevši potpis Ivana Petroviča Šujskog, plače i ne sluša Irine argumente o apsurdnosti lista. Štiti Irinu od uvreda, on potpisuje Borisovu naredbu, zastrašujući i nju i Šahovskog. Na mostu preko rijeke starac pobuđuje ljude zbog Shuiskyja, husar pjeva o svojoj hrabrosti. Glasnik jaše s vijestima o napredovanju Tatara. Princ Turenin sa strijelcima vodi Shuiskyja u zatvor. Narod, potjeran od starca, želi osloboditi Shuiskyja, ali on o svojoj krivnji govori pred „svetim“ kraljem i da zaslužuju kaznu.
Kleshnin izvještava Godunova da su Šusiski i njihovi pristaše zatvoreni i uvodi Vasilija Ivanoviča Šujskog. Okreće stvar kao da je pokrenuo molbu za dobro od Godunova. Shvativši da je Shuisky u njegovim rukama, Godunov ga pušta. Tsarina Irina dolazi intervenirati za Ivana Petroviča. Godunov, shvativši da se Shuisky neće prestati svađati s njim, nepokolebljiv je. Na trgu ispred katedrale prosjaci govore o promjeni mitropolita koji je protivio Godunovu, o pogubljenju trgovaca koji su stajali iza Šujskog. Tsarina Irina vodi Mstislavskuju da pita Shuiskyja. Fedor izlazi iz katedrale, posluživši molbu za kralja Ivana. Princeza se žuri pred noge. Fedor šalje princa Turenina za Shuiskyja. Ali Turenin izvještava da se Shuisky noću zadavio, optužuje sebe za previd (jer je pobijedio gomilu koju je u zatvor doveo Šahovski, a pretukao ga je samo pucajući Šahovskog). Fedor juri na Turenin optužujući ga za ubojstvo Shuiskyja i prijeti mu smaknućem. Glasnik donosi pismo Uglicha o smrti princa. Šokirani kralj želi sam saznati istinu. Stiže poruka o približavanju Kana i ranoj opsadi Moskve. Godunov nudi da pošalje Kleshnina i Vasilija Shuiskyja, a Fedor je uvjeren u Godunovu nevinost. Princeza Mstislavskaya kaže da namjerava skinuti kosu. Fyodor će, prema savjetu supruge, prebaciti čitav teret vlade na Borisa i, sjećajući se svoje namjere da „sve dogovori, izgladi sve“, oplakuje njegovu sudbinu i svoju kraljevsku dužnost.