Radnja se odvija u Moskvi 1584. godine i započinje svađu u Bojarskoj dumi: Mihail Nagoj, brat carice Marije Fjodorovne, raspravlja se o mjestu sa Saltykovom i povlači preostale бояre u sware. Zaharyin-Yuriev, brat prve carske žene, prekida raspravu, govoreći o važnosti prikupljanja njihovog slučaja: John, mučen kajanju nakon ubojstva njegova sina, odlučio je zauzeti samostanski čin i naložio Dumi da izabere nasljednika. U međuvremenu, "neprijatelji se bore protiv Rusije sa svih strana", u njoj su kuge i glad. Princ Mstislavski govori o tvrdoći kralja u svojoj odluci. Nagoya nudi mladom Dmitru Tsarevichu kraljicu i, ako je potrebno, "vladara", onim kakav je spreman biti; Sitsky - Zaharyin, koji se nije ničim umakao. Zaharyin govori za Ivanom Petrovich Shuisky, koji sada sjedi u opkoljenom Pskovu.
Međutim, kralju je potrebno odmah. Zaharyin pita Godunova za savjet, koji se nije namještao na mjestima i koji je skromno sjeo ispod. On, nakon što je detaljno opisao nezavidan položaj države, govori o nemogućnosti da se kralj promijeni u takvo vrijeme i poziva бояre da zamole Ivana da ostane na prijestolju. Sitsky se sjećajući grozota carstva uzalud pokušava zaustaviti бояre. Oni odlaze caru, odlučujući usput tko će govoriti, i plašni suvereni bijes. Godunov preuzima rizik. John, već obučen u crni ogrtač, skinuvši Monomak-ov šešir, čeka u spavaćoj sobi na odluku bojra i žali se sjećanja na posljednju zlobnicu. Iz Pskova stiže glasnik, kojega se car isprva odnosi na "novog gospodara", ali potom, čuvši kako su vijesti radosne, čuje priču o odrazu napada i Baturinog povlačenja iz Pskova. Primio je pismo od Kurbskog, u kojem on s nespretnim slogom zamjera caru, prijeti brzim zarobljavanjem Pskova, a mnogi Ivanovi zvjerstva nazivaju uzrokom njegovih trenutnih poraza i ponižavajuće se prisjećaju svog uklanjanja iz posla. Ivan pada u bijes, jer je uništio svu Kurbskiju rodbinu, nemoćan je prenijeti svoju ljutnju na bilo koga. Dođu bojnici, koje kralj sretne u velikoj razdraženosti. Nakon što je poslušao kratak govor Godunova, obukao je Monomakhovu kapu, zamjerio bojarima koji su ga na to prisilili i poljubio Godunova koji je održao hrabre i drske govore „za dobro države“. Odsutnost Sitskog ne prolazi nezapaženo, a car, ne želeći poslušati zagovornike, naređuje pogubljenje.
U carskim odajama Godunov i Zakharyin čekaju Ivana, a Godunov kaže da je kralj, želeći se razvesti od kraljice, zavesti nećakinju engleske kraljice. Iznervirani Zaharyin pita kako je Godunov pokušao odvratiti Johna i dobiva odgovor da on može utjecati na Johna samo na kružni način. Ivan ulazi i izvještava o neredu u poljskim trupama blizu Pskova i o očekivanju veleposlanika iz Varšave, koji je, prema njegovom mišljenju, poslan da zatraži mir. Naređuje Zaharyinu da obavijesti ljude o ovoj poruci. Kaže Godunovu da s engleskim veleposlanikom razgovara o uvjetima za predstojeći brak. Pokušava intervenirati za kraljicu i dobiva ljutiti prijekor pun prijetnji. Ostavljen na miru, Godunov se kaje za iskazanu ljubaznost i odbija odbiti savjest pred stvarima. U kući Vasilija Ivanoviča Šujskog dječaci Mstislavski, Belsky i braća Nagoy urote se kako bi uništili Godunova. Odlučuju, iskorištavajući iritaciju ljudi, okriviti sve nevolje na Godunovu, a Shuisky nudi Mihaelu Bityagovskom da ispuni plan. Obavezuje se pobuniti narod i potaknuti ga na ubojstvo. Belsky predlaže poslati istog Prokofyja Kikina. Godunov dolazi. Gosti se žurno razilaze. Godunov prigovara Shuiskyu da u Dumi nije voljen, Shuisky ga uvjerava u njegovu raspoloženost i podršku te odlazi, a car ih je iznenada pozvao. Godunov, ostao sam s Bityagovskim, otkriva svoje savršeno poznanstvo s njegovim namjerama i, prijeteći mu neviđenim pogubljenjima, šalje ga na iste trgove kako bi uvjerio narod protiv Shuiskyja i Belskyja, koji žele "otroviti kralja otrovom".
U međuvremenu, carica ne naređuje majci tsareviču da pusti da itko drugi dođe k njemu, a posebno Godunovu, ona samo vjeruje Nikiti Romanoviču Zaharyinu. Zakharyin dolazi. Kraljica mu govori o glasinama u palači i pita je li njezina sumnja da kralj želi ostaviti je s Demetrijem. Zaharyin od nje traži da bude spremna na sve, car ne treba raspravljati i vjerovati Godunovu. John dolazi s Godunovom i, čekajući kraljicu da se presvuče, sluša uvjete engleskog veleposlanika i pita o Poljacima koji su stigli nakon Garaburda, pitajući se koja zemlja Poljska obećava za mir, ne želeći slušati strahove o namjeni ovog veleposlanstva. Kraljica koja je ušla najavljuje predstojeći razvod. Upućen, Dimitri obećava nasljedstvo UGLICH-a i, čuvši zagovor Zaharyina, prijeti mu pogubljenjem. U prijestolničkoj komori Ivan prima poljskog veleposlanika u Garaburdi. Baturovi zahtjevi su toliko ponižavajući (izvesti Smolensk, Polotsk, Novgorod i Pskov iz Livonske pukovnije i dati Poljskoj Poljsku) da car općenito mrmlja padajući na bijes i nakon što čuje poziv poljskog kralja na borilačke vještine, lovi svog veleposlanika psima i dobacuje mu sjekira. Garaburda napominje da Ivan ne zna vijesti o rušenju ruskih pukovnija na granici, o tome da Šveđani zauzimaju Narovu i zajednički pohod s Baturom u Novgorodu, te je, obećavši Ivanu sastanak s kraljem u Moskvi, otišao. Godunov, koji je naletio, potvrđuje sve poruke Garaburda, ali car zapovijeda da objesi lažne glasnike i u svim crkvama služe pobjedničke molitve.
Na trgu u Zamoskvorechye gomila je zabrinuta ispred prodavaonice, ogorčena cijenom kruha, izvršitelji uzimaju mito i činjenicom da kralj ne izvršava prekršitelje. Pojavljuje se Kikin, odjeven kao stranac, okrivljuje Godunova i odnosi se na Božji znak, "krvavu, repom zvijezdu". Kaže da je u Kijevu vidio čudo: Sofijin križ se zapalio i glas koji je pozvao Godunova da se digne. Čuju se glasovi u obranu Godunova, glasovi koji pozivaju da pobiju branitelje i, na kraju, glas Bitjagovskog, koji je širom otvoren u kaftanu sa izbrisanom pjesmom na usnama. Kaže da su Shuisky i Belsky namjeravali otrovati kralja, no Godunov je bacio otrovan kolač psu. Kad se Bityagovski zbuni lutalicu koji je vidio čudo, nazove ga imenom i kaže da je poslan namjerno. Pojavljuje se Grigory Godunov, koji najavljuje da Boris Godunov kupuje sve zalihe iz vlastite riznice i sutra će ih distribuirati bezgotovinsko. Narod se žuri u Kikin. U kraljevskim odajama kraljica, Godunova sestra Irina i njegova supruga Marija gledaju komet. Kralj je gleda s trijema. Mudraci i čarobnjaci dovedeni su kako bi otkrili što je kometa. Pojavi se John i izjavi da je razumio znak: kometa najavljuje njegovu smrt. Od kraljice traži oprost i, želeći točno znati vrijeme smrti, kako ne bi umro bez pokajanja, poziva mage. Zove Kirillin dan. Na zahtjev cara Godunova čita sinodiku, gdje su popisane njegove žrtve, Ivan nadopunjuje popis. Batler dolazi iz Slobode s porukom da je jednog zimskog dana palača izgorjela od udara munje. Uzdrman, John moli sve za oprost, moli strastveno i pita Fedora kako će vladati, no Fedor traži da u kraljevstvo stavi nekoga drugog. Donose dva pisma: o približavanju Kana Moskvi i ustanku oko Kazana. Donose šemnike koji su živjeli u osamljenosti trideset godina. John, ostao sam s njim, govori o nesreći koja je zadesila Rusiju i traži savjet. Shematski poziva mnoge ljude koji su u stanju odoljeti neprijatelju - kralj ih sve uništava. Govori o princu, ali princ je mrtav. Predvodeći crtača, Ivan prisiljava bojove Mstislavskog, Belskog, Zaharyina i Godunova da poljube križ na način da će služiti Fedoru, a peti imenuje Ivana Petroviča Šujskog ukoliko preživi u blizini Pskova. On šalje veleposlanike u Litvu da zaključe mir s Baturom po najniže ponižavajućim uvjetima, vjerujući da će Batur nakon njegove smrti tražiti još više, želeći svojim nečuvenim poniženjem otkupiti grijehe.
U Cirilu je kraljev dan bolji. Godunov potajno zove vještice, a oni kažu da dan još nije gotov. Godunova predviđa kraljevsko prijestolje, sjećaju se tri zvijezde koje ga razdvajaju od sjaja zvijezde i njegov glavni tajanstveni protivnik ("slab, ali moćan - nevin, ali kriv - ne on sam", "ubijen, ali živ". Dolazi dr. Jacobi, odgovarajući Godunovu, da se car mora zaštititi od iritacije, i zbog toga je Belsky nazvao kumonoše. Godunov prihvaća Bityagovskog i otkriva da je narod ogorčen na Shuiskyja i Belskyja. U međuvremenu, John ispituje blaga, traži darove za englesku kraljicu i mladenku, žalac se vrti u blizini kralja, pauci u susjednim odajama čekaju znak. Sljedećeg dana car imenuje pogubljenje mudraca i šalje Borisa da im ih objavi. Trijumfalan je, ali sumnjiv i sklon iritaciji; Sjedeći igrajući šah s Belskyjem, spusti kralja. Godunov se vraća i, vodeći kralja u bijes sa smislenom šutnjom, objavljuje odgovor mudraca da je njihova znanost pouzdana i da Kirillin još nije prošao dan. U bijesu, John Godunova naziva izdajnikom, optužuje ga za pokušaj njegovog života, poziva robijaše i pada. Opća zbrka. Kralj zove ispovjednika, bojari - liječnike, pogrešno upravljaju buđonima. Ivan umire. Ljudi na trgu viču da je kralj maltretirao Shuisky i Belsky, a zbunjeni Fedor pojašnjenja povjerava Godunovu. Godunov šalje Bojare u izgnanstvo, Mstislavskog, koga zajedno s Nagyom, Bityagovskim optužuje za nevolje, samostan, Nagih - u UGLICH zajedno s Tsaricom i Demetriusom. Fedor, jecajući, zagrli Godunova. Ljudi na trgu hvale oboje.
