Upravo je ovaj žanr, karakterističan za književnost 18. stoljeća, Goethe odabrao za svoje djelo, radnja se odvija u jednom od malih njemačkih gradova s ​​kraja 18. stoljeća. Roman se sastoji iz dva dijela - to su pisma samog Werthera i dodaci njima pod naslovom „Od izdavača do čitatelja“. Wertherova pisma upućena su njegovom prijatelju Wilhelmu, u njima autor nastoji ne samo opisati životne događaje, već prenijeti svoje osjećaje koje svijet oko njega izaziva.

Werther, mladić iz siromašne obitelji, obrazovan, sklon slikanju i poeziji, naseljava se u malom gradu kako bi bio sam. Uživa u prirodi, komunicira s običnim ljudima, čita svog voljenog Homera, crta. Na balu izvana u gradu susreće Charlotte S. i zaljubi se u nju bez sjećanja. Lotta, koja se zove djevojčini bliski prijatelji, najstarija je kći knezovog amtmana, sve u svemu, u njihovoj obitelji ima devetoro djece. Majka im je umrla, a Charlotte ju je, unatoč mladosti, uspjela zamijeniti braćom i sestrama. Ona nije samo izvana privlačna, već ima i neovisne prosudbe. Već prvog dana susreta Werthera s Lottom otkriva se slučajnost okusa, oni se lako razumiju.

Od tog vremena mladić većinu svog vremena svakodnevno provodi u kući amtmana, koja je udaljena sat vremena hoda od grada. Zajedno s Lottom posjećuje bolesnog župnika, odlazi paziti bolesnu damu u grad. Svaka minuta provedena u blizini pruža Wertheru zadovoljstvo. Ali mladićeva je ljubav od samog početka osuđena na patnju jer Lotta ima zaručnika Alberta koji je otišao dobiti solidan posao.

Dolazi Albert, i iako prema Wettheru postupa toplo i nježno sakriva manifestacije svojih osjećaja prema Lotte, zaljubljeni mladić je ljubomoran na nju. Albert je suzdržan, razuman, smatra Werthera izvanrednom osobom i oprašta mu nemirnu raspoloženost. Wertheru je teško prisustvo treće osobe na sastanku s Charlotteom, on pada u nesputanu zabavu, a zatim u sumorno raspoloženje.

Jednom, kako bi se malo odvratila, Werther ide jašući planinama i moli Alberta da mu posudi pištolje. Albert se slaže, ali upozorava da im se ne naplaćuje. Werther uzima jedan pištolj i stavlja ga na čelo. Ova bezopasna šala pretvara se u ozbiljnu raspravu mladih o čovjeku, njegovim strastima i pameti. Werther priča priču o djevojci koju je napustio njen ljubavnik i pojurio u rijeku, jer bez njega je život za nju izgubio svaki smisao. Albert ovaj čin smatra "glupim", osuđuje osobu koja, oduzeta strastima, izgubi sposobnost rasuđivanja. Werther se, naprotiv, odriče pretjerane racionalnosti.

Za svoj rođendan, Werther prima poklon od Alberta na poklon: ima luk iz Lottine haljine u kojem ju je prvi put vidio. Mladić pati, razumije da se treba spustiti na posao, otići, ali uvijek odlaže trenutak razdvajanja. Uoči odlaska, dolazi u Lotte. Odlaze u svoju omiljenu sjenicu u vrtu. Werther ne govori ništa o predstojećoj razdvojenosti, ali djevojka, kao da je predosjeća, započinje razgovor o smrti i o onome što će uslijediti. Sjeća se majke, posljednjih minuta prije nego što je raskinula s njom. Uzbuđen svojom pričom, Werther ipak pronalazi snagu da napusti Lottu.

Mladić odlazi u drugi grad, postaje službenik u glasniku. Glasnik je izbirljiv, pedantan i glup, ali Werther se sprijateljio s grofom von K.-om i pokušava pojačati njegovu usamljenost u razgovorima s njim. U ovom su gradu, kako se ispostavilo, predrasude o vlasništvu vrlo snažne i mladić se neprestano ukazuje na njegovo podrijetlo.

Werther upoznaje djevojku B. koja neodoljivo podsjeća na neusporedivu Charlotte. Često razgovara s njom o svom prošlom životu, uključujući i pripovijeda o Lotteu. Društvo koje okružuje nervira Werthera, a njegov se odnos s glasnikom pogoršava. Stvar se završava tako što se glasnik žali za njim ministru, isto kao i delikatna osoba, piše mladiću pismo u kojem ga proglašava pretjerano osjetljivim i pokušava poslati svoje ekstravagantne ideje u smjeru u kojem će naći pravu primjenu.

Werther se neko vrijeme pomirio sa svojim položajem, ali postoji "smetnja" koja ga prisiljava da napusti službu i grad. Bio je u posjeti s grofom von K., sjeo je, u to doba gosti su se počeli okupljati. U gradu, međutim, nije bilo uobičajeno da se čovjek niske klase pojavljuje u plemenitom društvu. Werther nije odmah shvatio što se događa, osim toga, vidjevši poznatu djevojku B., razgovarao je s njom, i tek kad su svi počeli zaškiljiti prema njemu, a njegov sugovornik je jedva mogao održati razgovor, mladić je žurno otišao. Sljedećeg dana tračevi su se proširili po gradu da je grof von K. izbacio Werthera iz njegove kuće. Ne želeći čekati kad od njega zatraže da napusti službu, mladić podnosi ostavku i odlazi.

Prvo, Werther putuje u rodna mjesta i prepušta se slatkim sjećanjima iz djetinjstva, zatim prihvaća poziv princa i odlazi u svoj posjed, ali ovdje se osjeća izvan mjesta. Napokon, više ne podnoseći razdvojenost, vraća se u grad u kojem živi Charlotte. Za to vrijeme postala je supruga Alberta. Mladi su sretni. Pojava Werther-a doprinosi njihovom obiteljskom životu. Lotte suosjeća s zaljubljenim mladićem, ali ona nije u stanju vidjeti njegovu muku. Werther žuri oko sebe, često sanja da će zaspati i da se više ne budi, ili želi počiniti grijeh, a zatim se pomiriti s njim.

Jednom, dok šeta po periferiji grada, Werther upoznaje ludog Henryja koji skuplja buket cvijeća za svoju voljenu. Kasnije saznaje da je Henry bio pisar s Lotteinim ocem, zaljubio se u djevojku i ljubav ga je izludjela. Werther osjeća da ga Lotta slika progoni i nema dovoljno snage da zaustavi patnju. Na tome se mladićeva pisma prekidaju, a o njegovoj budućoj sudbini saznajemo od izdavača.

Ljubav prema Lotte čini Werther nepodnošljivim za druge. S druge strane, odluka da napusti svijet postaje sve jača u mladićevoj duši, jer on jednostavno ne može ostaviti voljenu. Jednog dana nađe Lottu kako sređuje darove za rodbinu na Badnjak. Ona se obraća njemu s molbom da im dođe sljedeći put ne ranije na Badnjak. Za Werthera to znači da mu je uskraćena posljednja radost u životu. Unatoč tome, sutradan još uvijek odlazi za Charlotte, a zajedno su pročitali ulomak iz Wertherova prijevoda Ossianinih pjesama. U naletu nejasnih osjećaja, mladić gubi kontrolu nad sobom i prilazi Lotte, zbog čega ga ona moli da je napusti.

Po povratku kući, Werther sredi svoje poslove, piše oproštajno pismo svom ljubavniku, a slugu s Albertom šalje s pištoljem. Točno u ponoć, u Wertherovoj sobi odjeknuo je snimak. Ujutro sluga nađe mladića, koji još uvijek diše, na podu stiže iscjelitelj, ali prekasno je. Albert i Lotta su zabrinuti zbog Wertherove smrti. Sahranili su ga nedaleko od grada, na mjestu koje je odabrao za sebe.