U djelu - dvije priče, od kojih se svaka razvija samostalno. Prva radnja odvija se u Moskvi tijekom nekoliko majskih dana (dani proljetnog punog mjeseca) u 30-ima. XX. Stoljeće, druga radnja se također odvija u svibnju, ali u gradu Yershalaimu (Jeruzalem) prije gotovo dvije tisuće godina - na samom početku nove ere. Roman je izgrađen na takav način da se poglavlja glavne priče prepliću s poglavljima koja čine drugu priču, a ta su poglavlja umetanja ili poglavlja iz gospodarovog romana, ili priča o očevidcu događaja Wolanda.
Jednog od najtoplijih majskih dana u Moskvi pojavi se netko Woland, predstavljajući se kao specijalist crne magije, ali u stvari je sotona. Prati ga čudna pratnja: lijepa vještica vampirica Gella, bezobrazan tip Koroviev, poznat i kao Fagot, sumorni i zlobni Azazello i veseli debeli hipok Behemoth, koji se većinom pojavljuje pred čitateljem pod krinkom crne mačke nevjerojatne veličine.
Prvi koji su Wolanda upoznali na Patrijarhovim ribnjacima su urednik debelog umjetničkog časopisa Mihail Aleksandrovič Berlioz i pjesnik Ivan Bezdomny, koji su napisali antireligijsku pjesmu o Isusu Kristu. Woland se miješao u njihov razgovor tvrdeći da je Krist stvarno postojao. Kao dokaz da postoji nešto izvan ljudske kontrole, Woland predviđa da će ruska komsomolska djevojka odsjeći Berliozovu glavu. U očima šokiranog Ivana Berlioz odmah pada pod tramvaj koji upravlja komomskom djevojkom, a glava mu je odsječena. Ivan bezuspješno pokušava progoniti Wolanda, a zatim, pojavljujući se u Massolitu (Moskovsko književno udruženje), toliko zbunjujuće određuje slijed događaja da je odveden u ambulantnu psihijatrijsku kliniku profesora Stravinskog, gdje upoznaje glavnog junaka romana - majstora.
Woland, stigavši u stan broj 50 kuće 302 bis u Sadovoj ulici, koji je pokojni Berlioz zauzeo kazališnom redateljem Varieteom Stepanom Likhodeev, i pronalazeći potonjeg u stanju teškog mamurluka, predstavlja mu ugovor koji je potpisao on, Likhodeev, za Wolandovu predstavu u kazalištu a zatim ga otjera iz stana, a Styopa neobjašnjivo završava u Jalti.
Nikanor Ivanovič Bosoy, predsjedavajući stambenog partnerstva br. 302 bis, stiže u stan br. 50 i pronalazi Korovieva, koji traži da ovaj stan iznajmi Wolandi, jer je Berlioz umro, a Likhodeev je bio u Jalti. Nakon mnogo uvjeravanja, Nikanor Ivanovič pristaje i prima od Korovieva, uz naknadu određenu ugovorom, 400 rubalja koje skriva u ventilaciji. Istog dana došli su Nikanoru Ivanoviču s nalogom za uhićenje radi pohrane valute, budući da su se te rublje pretvorile u dolare. Zaprepašteni Nikanor Ivanovič pada u istu kliniku profesora Stravinskog.
U ovom trenutku, financijski direktor Variete Rimsky i administrator Varenukha bezuspješno pokušavaju telefonskim putem pronaći nestalog Likhodeeva i zbunjeni su, primajući od njega telegrame iz Jalte i moleći ga da pošalje novac i potvrdi identitet, jer ga je hipnotizer Woland napustio u Jalti. Odlučivši da je ovo Likodejeva glupa šala, Rimsky, prikupivši telegrame, šalje Varenukhu da ih odvede "tamo gdje je potrebno", ali Varenukha to ne uspijeva: Azazello i mačka Behemoth, zgrabivši ga za ruke, dovedu Varenukhu u stan broj 50 i poljubi ga. gola vještica Gella Varenukha lišena je osjećaja.
U večernjim satima na pozornici kazališta Variete započinje predstava u kojoj sudjeluju veliki mađioničar Woland i njegova pratnja. Fagot s pucanjem pištolja uzrokuje novčanu kišu u kazalištu, a cijela dvorana hvata padajuće komade zlata. Tada se na pozornici otvara „ženska radnja“ u kojoj se svaka žena iz sjedenja u dvorani može besplatno oblačiti od glave do pete. Tamo je postrojen red, međutim, na kraju predstave, kravoneti se pretvaraju u komade papira, a sve što je stečeno u "ženskoj trgovini" nestaje bez traga, prisiljavajući lakovjerne žene da jure ulicama u istom donjem rublju.
Nakon predstave, Rimsky ostaje u svom uredu, a njemu se Gellin poljubac pretvorio u vampiricu Varenukhu. Vidjevši da ne baca sjenu, Roman se smrtno boji i pokušava pobjeći, ali vampirica Gella dolazi u pomoć Varenukha. Rukom prekrivenom kadaveričnim mrljama pokušava otvoriti svornjak prozora, a Varenukha čuva vrata. U međuvremenu, dolazi jutro, čuje se prvi krik pijetao, a vampiri nestaju. Ne izgubivši niti jednu minutu, Rimsky je smjesta postao siv u taksiju, žurio prema stanici i odlazio brzim vlakom za Lenjingrad.
U međuvremenu, Ivan Bezdomny, nakon susreta s Učiteljem, govori mu o tome kako se upoznao s neobičnim strancem koji je ubio Mišu Berlioza. Učitelj objašnjava Ivanu da se na patrijaršima susreo s Sotonom, i govori Ivanu o sebi. Njegova se voljena zvala njegova voljena Margarita. Budući da je po struci povjesničar, radio je u jednom od muzeja, kad je iznenada neočekivano osvojio ogromnu svotu - sto tisuća rubalja. Ostavio je svoj rad u muzeju, unajmio dvije sobe u podrumu male kuće u jednom od arbatanskih staza i počeo pisati roman o Ponciju Pilatu. Romantika je bila gotovo gotova kad je slučajno na ulici sreo Margaritu, a ljubav je obojicu odmah pogodila. Margarita je bila udana za vrijednog čovjeka, živjela je s njim u dvorcu na Arbatu, ali nije ga voljela. Svaki dan je dolazila kod gospodara. Afera se privodi kraju i bili su sretni. Napokon je roman dovršen, a majstor ga je odnio u časopis, ali oni su ga odbili tiskati tamo. Ipak, tiskan je odlomak iz romana, a ubrzo se u novinama pojavilo nekoliko razornih članaka o romanu, koje su potpisali kritičari Ariman, Latunsky i Lavrovich. A onda je gospodar osjetio da mu se razboli. Jedne večeri bacio je roman u pećnicu, ali odbegnuta, alarmirana, Margarita je zgrabila posljednju hrpu plahte s vatre. Otišla je, uzevši rukopis sa sobom kako bi se oprostila od svog supruga i vratila se svome ljubavniku ujutro, ali četvrt sata nakon što je otišla, pokucali su na prozor - pripovijedajući Ivanu svoju priču, na ovom mjestu Učitelj sniva glas šapatom - i sada nekoliko mjeseci kasnije, jedne zimske noći, kad je došao kući, našao je svoje sobe zauzete i otišao je u novu prigradsku kliniku, gdje živi već četvrti mjesec, bez imena i prezimena, samo pacijent iz sobe 118.
Jutros se Margarita budi s osjećajem da će se nešto uskoro dogoditi. Obrišući suze, ona prelazi plahte ugljenisanog rukopisa, gleda majstorovu fotografiju, a zatim odlazi u šetnju Aleksandrovim vrtom. Ovdje Azazello sjeda k njoj i obavještava je da je neki plemeniti stranac poziva u posjet. Margarita prihvaća pozivnicu jer se nada da će barem naučiti o Učitelju. Uvečer istog dana Margarita, skidajući se gola, trlja tijelo kremom koju joj je dao Azazello, postaje nevidljiva i leti kroz prozor. Vozeći se pored spisateljske kuće, Margarita uređuje rutu u stanu kritičara Latunskog, koji je, prema njenom mišljenju, ubio gospodara. Tada Margarita upoznaje Azazello i vodi je do stana br. 50, gdje upoznaje Wolanda i ostatak njegove obitelji. Woland traži da Margarita bude kraljica na njegovom balu. Zauzvrat, on obeća da će joj ispuniti želju.
U ponoć počinje proljetna kugla punog mjeseca - velika lopta kod Sotone, na koju su pozvani prevaranti, dželat, zlostavljači i ubojice - zločinci svih vremena i naroda; muškarci su u kaputima, žene gole. Već nekoliko sati gola Margarita pozdravlja goste, izlažući joj ruku i koljeno za poljubac. Napokon je lopta gotova, a Woland pita Margaritu što želi kao nagradu za to što je domaćica lopte. I Margarita traži da joj odmah vrati gospodara. Tada se majstor pojavi u odjeći u bolnici, a Margarita, nakon što se družila s njim, moli Wolanda da ih vrati u malu kuću na Arbatu, gdje su bili sretni.
U međuvremenu, jedna moskovska institucija počinje se zanimati za neobične događaje koji se događaju u gradu, i svi se oni slažu u logično jasnoj cjelini: tajanstvenog stranca Ivana Bezdomnyja, seanse crne magije u Varietyju, dolare Nikanor Ivanovič i nestanak Rimskyja i Likhodeeva. Postaje jasno da je sve to djelo iste bande, koju vodi tajanstveni mađioničar, a svi tragovi ove bande vode do stana broj 50.
Sada se okrećemo drugoj priči romana. U palači Heroda Velikog, judejski prokurist Pontius Pilate ispituje uhićenog Yeshua Ga-Nozrija, kojeg je Shedrin osudio da vrijeđa Cezarovu vlast, a ta je rečenica poslana na odobrenje Pilatu. Ispitujući uhićenog, Pilat shvaća da pred njim nije razbojnik koji je poticao narod na neposluh, već lutajući filozof koji propovijeda kraljevstvo istine i pravde. Međutim, rimski tužitelj ne može pustiti čovjeka koji je optužen za zločin protiv Cezara i potvrđuje smrtnu kaznu. Zatim se obraća glavnom svećeniku židovskog Caifa koji, u čast nadolazećeg blagdana Uskrsa, može osloboditi jednog od četvorice zločinaca osuđenih na smrt; Pilat traži da to bude Ga-Nozri. Međutim, Kaifa ga odbija i pušta pljačkaša Var-Ravvana. Na vrhu Lysaye gore nalaze se tri križa na kojima su osuđeni raspeti. Nakon što se mnoštvo promatrača koji su pratili povorku do mjesta pogubljenja vratilo u grad, na Lysayi gori ostaje samo učenik Yeshua Levi Matvey, bivši poreznik. Kazivač izbode izmučene osuđenike i na planinu padne nagli pljusak.
Prokurist zove Afraniya, šefa njegove tajne službe, i naređuje mu da ubije Juda iz Kiriata, koji je od shedrina dobio novac jer mu je omogućio da uhiti Yeshua Ga-Nozrija u svojoj kući. Ubrzo, mlada žena po imenu Niza, navodno slučajno susreće Judu u gradu i zakaže izlazak iz grada u Getsemanski vrt, gdje su ga napali nepoznati ljudi, zabila ga nožem i izvadila novčanik s novcem. Nakon nekog vremena Afranius izvještava Pilata da je Juda izboden na smrt, a vreća novca - trideset tetradraha - bačena je u kuću velikog svećenika.
Levi Matvey doveden je Pilatu, koji tužitelju pokazuje pergament s Ga-Nozrijevim propovijedima. "Najozbiljniji porok je kukavičluk", čita tužitelj.
Ali natrag u Moskvu. Na zalasku sunca, na terasi jedne od moskovskih zgrada, zbogom se oprobaju od grada Wolanda i njegove pratnje. Odjednom se pojavljuje Levi Matvey, koji nudi Wolandu da uzme gospodara kod sebe i nagradi ga mirom. "I zašto ga ne povedete sa sobom?" - pita Woland. "Nije zaslužio svjetlost, zaslužio je mir", odgovara Levi Matvey. Nakon nekog vremena Azazello dolazi u kuću Margariti i gospodaru i donosi bocu vina - Wolandov dar. Nakon ispijanja vina, gospodar i Margarita padaju bez osjećaja; istog trenutka počinje nemir u kući tuge: pacijent je umro iz sobe broj 118; i upravo u tom trenutku u dvorcu na Arbatu mlada žena odjednom blijedo stisne srce i padne na pod.
Čarobni crni konji odvlače Wolanda, njegovu pratnju, Margaritu i Učitelja. "Čitao se vaš roman," Woland kaže Učitelju, "i želio bih vam pokazati svog heroja." Otprilike dvije tisuće godina sjedi na ovom mjestu i u snu vidi mjesečevu cestu i želi ići njime i razgovarati s roving filozofom. Sada možete završiti roman jednom frazom. " "Besplatno!" Čeka vas! " - vikne gospodar, a preko crnog ponora svijetli neizmjerni grad s vrtom do kojeg se proteže lunarna cesta, a prokurator brzo trči ovom cestom.
"Doviđenja!" - vrišti Woland; Margarita i gospodar prelaze preko mosta preko potoka, a Margarita kaže: "Ovdje je vaš vječni dom, navečer će doći oni koji vas vole, a noću ću zaštititi vaš san."
I u Moskvi je, nakon što ju je Woland napustio, istraga u slučaju zločinačke bande dugo traje, međutim, mjere poduzete za uhićenje ne daju rezultata. Iskusni psihijatri zaključuju da su članovi bande bili hipnotičari bez presedana. Prolazi nekoliko godina, događaji tih majskih dana počinju se zaboraviti, a samo se profesor Ivan Nikolajevič Ponyrev, bivši pjesnik Beskućnik, svake godine, samo kad se pojavi proljetni svečani puni mjesec, pojavi na Patrijarhovim barama i sjedi na istoj klupi gdje je prvi put upoznao Wolanda, i zatim se, nakon šetnje Arbatom, vraća kući i vidi isti san u kojem dolaze i Margarita i gospodar, i Ješua Ga-Nozri, i okrutni peti tužitelj Judeje, jahač Pontius Pilate.